Li-jie He

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人类肠道菌群数据库

陈卫华+赵兴明+赫丽杰：实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2

GMrepo 是一个精心设计和一致注释的人类肠道宏基因组数据库，其主要目的是提高人类肠道宏基因组数据的可重用性和可访问性，并实现跨项目和表型比较。华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、中国医科大学人民医院赫丽杰作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，介绍了 GMrepo 的更新版本GMrepo v2，在这个新版本中，作者收集了更多的项目、运行/样本和表型。最重要的是，作者添加了疾病标记识别和已识别标记的跨项目/表型比较。GMrepo v2 可在以下网址免费获得：https://gmrepo.humangut.info。

人类肠道菌群数据库疾病标志物宏基因组学测序表型

宏基因组数据库

国内团队：人类肠道宏基因组数据库——GMrepo

华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、辽宁省人民医院赫丽杰日前联袂在《核酸研究》上发表了一个经人工矫正的人肠道宏基因组数据库。数据库整合了来自于多个公共数据库的结果，进行了一致化的处理，并添加了经核对的相关元数据。数据库收录了58903个样品，对于质控合格的样品，提供了预先计算好的物种丰度、相关性和菌株共现性网络等结果查询。数据库界面清爽，响应迅速，除了图形化查询生成器还提供了R/Python/Perl语言的API接口，方便不同背景的研究者使用。

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