长读长测序

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文章数：6篇

国内团队：解析结直肠癌中的异常选择性剪接

徐州医科大学的郑骏年、董东和苏州大学第一附属医院的Zhi Qiaoming合作在Genome Medicine发表文章，联合使用长读长测序和短读长测序分析结直肠癌（CRC）的转录组，对选择性剪接事件进行分析。同时验证新发现的剪接异构体TIMP1Δ4-5在介导CRC进展中发挥重要作用，可能是CRC的潜在治疗靶点。

结直肠癌选择性剪接长读长测序

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扬州大学：长读长宏基因组测序助力解析蛋鸡粪便中高流行耐药基因

动物源抗生素耐药基因（ARGs）的出现和流行已经对全球公共卫生构成了巨大威胁。随着测序技术和生物信息学的快速发展，长读长宏基因组测序越来越多地被用于破译环境中耐药基因的命运。近日，扬州大学王志强、李瑞超及团队在Science of the Total Environment发表最新研究，小质粒可能是一些耐药基因在粪便微生物群落中高流行的原因。纳入4个大型蛋鸡养殖场20份粪便样本进行长读长宏基因组测序，小质粒可能是一些耐药基因在粪便微生物群落中高流行的原因。在部分蛋鸡粪便样本中检测到一种携带floR的IncQ型质粒和一种携带tet(L)的小质粒，这两个小质粒在粪便微生物中可形成串联重复结构，增强耐药基因的富集，值得关注。

长读长测序抗生素抗性基因 (ARGs) 研究论文基础研究肠道菌群

宏基因组组装基因组 (MAGs)

国内团队：基于宏基因组测序数据组装方法的基准测试

宏基因组组装是一种利用宏基因组测序数据重建微生物基因组的有效方法，多种组装工具也被开发用于简化组装并解决微生物基因组中序列重复的问题。然而，目前还没有对宏基因组测序技术进行全面评估，也缺乏选择合适的宏基因组组装工具的实用指南。近日，香港浸会大学张璐及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，使用由一系列测序技术生成的32个宏基因组测序数据集，对19种主流组装软件工具进行了全面的基准测试，发现通过杂合组装是提高总组装长度、获得近乎完整MAGs有希望的方法，值得关注。

宏基因组组装基因组 (MAGs) 组装工具研究论文基础研究宏基因组

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LoopSeq：合成长读长的超准确微生物扩增子测序

长读长测序提供了识别更广泛的物种和区分种内菌株的潜力，但在复杂的宏基因组中获得足够的准确性仍然具有挑战。本文展示了如何使用短读长测序仪生成长度和准确性相结合的微生物DNA读长的方法LoopSeq。作者描述并分析验证 LoopSeq，这是一种商用的合成长读长(SLR)测序技术，其利用了已经广泛可用的短读长测序仪，它可从标准短读长生成高度准确的长读长。使用标准短读长测序仪生成准确和菌群测序长读长的能力将加速高质量微生物序列数据库的构建，并消除精确微生物基因组学道路上的一个重大障碍。

长读长测序菌株物种水平精确微生物基因组学短读长测序仪

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Nature子刊：人类肠道微生物组的高分子量DNA提取、纳米孔测序和宏基因组组装方法

人类肠道微生物组的短读长宏基因组测序和从头基因组组装可产生细菌基因组草图，而无需分离和培养。虽然长读长测序已成功应用于装配连续的细菌分离体基因组，但从粪便样本中提取足够分子量、纯度和数量的DNA进行宏基因组测序仍是一个挑战。在此，作者提出了一种从人类粪便样本中提取微克量的高分子量DNA的方案，该方案适用于下游长读长测序的应用。作者还推出了Lathe (www.github.com/bhattlab/lathe)，这是一种用于长读长碱基检出，装配，长读长或Illumina短读长的一致细化和基因组环化的计算工作流程。总而言之，此方案可以在大约10天内，从2 d的动手实践和计算量下从复杂的人类肠道样本中产生高质量的连续或环状细菌基因组。

长读长测序宏基因组学人类肠道微生物组高分子量DNA 生物信息学

可移动基因元件

长读长测序协助发掘肠道菌群中的可移动基因元件

肠道菌群基因组中的可移动基因元件对于微生物进化、菌群-宿主互作具有重要影响。《Microbiome》近期发表一项研究，运用nanopore长读长测序技术，发现人体肠道菌群基因组中的可移动基因元件数量大于公共数据库中的已有数据，并发现来自拟杆菌的质粒分布广泛，还阐述了多个聚集在可移动基因元件上的基因功能。上述结果对于研究肠道菌群进化、菌群内和菌群-宿主互作具有重要参考价值。

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