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Yu Peng
文章数:1篇
生物信息
IDBA-UD:宏基因组和单细胞组装工具
IDBA-UD是目前宏基因组最常用的三款拼接软件之一,另外两个分别为拼接结果最快的MEGAHIT(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1051360183)和最长的metaSpades。IDBA—UD的速度和内存消耗介于两者之者,是平衡的选择,优点也较多,可实现从小到大迭代k,还通过局部组装重建缺失的k-mers,并通过迭代地去除低深度重叠群来去除错误。最近Nature Biotechnology的文章也选用了些方法组装(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066063689)。
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Bente Øvrebø