Fernando Meyer

搜索
登录

Fernando Meyer

文章数：2篇

批判性评估

Nature子刊：CAMI2宏基因组分析评测第二阶段成果

在过去的二十年里，宏基因组学的进步极大地增加了我们对微生物世界的了解，并加强了数据分析技术的发展，这就需要对这些方法进行公正和全面的评估，以确定该领域的最佳实践和开放挑战，本研究描述了第二轮 CAMI 挑战的结果，在其中，作者评估了程序在更大、更复杂的数据集上的性能和进展，包括长读长数据和进一步的性能指标，例如运行时间和内存使用。CAMI数据集获取地址：https://data.cami-challenge.org/participate（包括金标准、基于基准数据创建的组装基因组、NCBI分类信息和NCBI RefSeq、nt和nr的参考序列集合）。

批判性评估长读长组装复杂数据集 CAMI

Nature子刊：教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件

计算方法是菌群研究的关键，获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较，确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本，有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中，作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标，用于评估宏基因组装配/组装，分箱和分析结果，并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考，并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。

菌群研究计算方法 CAMI数据集软件性能评测宏基因组