Jennifer Lu

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Jennifer Lu

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宏基因组数据分析

Nature子刊：使用Kraken套件进行宏基因组数据分析

测序数据的生信分析对于准确和完整表征微生物群落至关重要。为促进宏基因组分析的高效性和可重复性，近日发表在Nature Protocols的研究，作者开发了Kraken suite（含Bowtie2、Kraken2、Bracken、Pavian等软件）用于宏基因组数据分类、量化和可视化的流程。该流程可很好应用于对给定的宏基因组数据中物种的定量分析，也可对人类患者临床样本进行致病菌检出分析，特别适合熟悉Unix命令行环境的相关人员，值得尝试。

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Kraken2物种注释16S rRNA基因序列比QIIME２更快、更精

几十年来，16S核糖体RNA基因测序已成为鉴定样品中未知组成的细菌种类的主要手段。目前，用于此目的的最广泛使用的工具很多，为了对每种工具进行全面评估，作者比较了QIIME 2的q2-特征-分类器、Kraken 2和Bracken在生成三个主要的16S rRNA数据库（Greengenes，SILVA和RDP）中的计算资源和速度。为了评估准确性，作者使用从人类肠道，海洋和土壤宏基因组中获得的相同的模拟16S rRNA读长评估了每种工具，这些读长先前用于比较QIIME，MAPseq，mothur和QIIME2。作者根据每个工具分配的最终属读长计数的准确性来评估准确性。由于Kraken 2是唯一提供按每一读长分类分配的工具，因此作者评估了Kraken 2每一读长分类的敏感性和准确性，最终得出结论：Kraken 2和Bracken为16S rRNA宏分类数据分析提供了非常快速、高效和准确的解决方案。

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宏基因组学

Kraken 2——快速的宏基因组物种分类注释工具

Kraken 2是对Kraken的优化升级后的全新版本，带来了对宏基因组数据进行快速分类注释的质的飞跃，相较于Kraken，Kraken 2拥有更先进的数据库索引方式，可以大大减少计算机内存的使用，并提高分类速度，并保持较高准确率。支持源代友、conda、docker等多种方式方便安装，分析也只需一行命令即可完成，结果格式有多种可选格式可与常见的下游分析工具STAMP、LEfSe等联用，是宏基因组物种分类的首选工具，也是Cell杂志评估20种物种分类工具中综合表现最好的工具（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381）。

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