肠道细菌与人体共生互利，在整个机体的物质代谢、能量平衡、免疫系统发展，甚至于行为模式方面都发挥着重要的调控作用。越来越多的研究结果显示肠道菌群和多种复杂疾病密切相关，包括二型糖尿病，肥胖，类风湿性关节炎以及癌症等。来源于人的样品可以支持肠道菌群和疾病的关联性研究，但是如果进行深入的机制或者因果关系研究等，基于伦理以及安全性考虑，需要寻找合适的，有价值的肠道菌群动物模型进行试验设计和研究。我们从哪些模式动物可以作为肠道菌群的模型，它们的肠道菌群特点，影响模式动物菌群的因素以及作为模式动物，和人的肠道菌群的相似性等多方面对模式动物的肠道菌群研究进行阐述。