宁康
华中科技大学生命科学与技术学院教授、生物信息与系统生物学系系主任
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
华科宁康团队:一个快速、准确的微生物群落结构搜索利器——Meta-Prism
① Meta-Prism方法用于比对分析不同样本的微生物群落结构,可从数据库搜索到与目标样本群落结构最相似的样本,加深对不同来源样本的了解;② Meta-Prism方法比同类方法至少快10倍,并且可以提供非常精确的搜索结果;③ 开发团队在来自人体和环境的上万个样本中验证了该方法在速度和准确性上的优势;④ Meta-Prism方法基于以下三项技术:用于样本分组的双索引方法、用于分析样本间微小差异的精细打分函数和CPU/GPU并行计算技术。
02-07
华科宁康等:海洋宏基因组资源促进了对新蛋白质的结构和功能预测
① 同源序列较少的蛋白质的结构和功能预测是生物信息学领域的一大难题;② 从Tara Oceans宏基因组中鉴定了9700万个非冗余基因,为5721个无结构信息的Pfam家族中的2801个提供了新的参考序列;③ 据此利用C-QUARK为27个蛋白家族建模,结果中有20个家族的折叠预测可靠,并进一步扩展到417个蛋白家族;④ 基于结构的功能预测算法MetaGO发现PF15461蛋白家族在光合作用中的重要功能;⑤ 揭示了海洋宏基因组在探索新蛋白的结构和功能上具有的独特作用。
2019-11-01
同济大学:MetaMed连接菌群功能与药物治疗学
① 根据微生物代谢物与药物之间的相似性评分,MetaMed将微生物群功能与现有的药物治疗联系起来;② MetaMed提供微生物-药物、微生物-疗效、微生物-副作用和微生物-免疫状态关联对;③ MetaMed可提供微生物生物合成基因(BGC)及其相关代谢信息和对人体潜在的副作用;④ 可通过MetaMed评分系统获得微生物对免疫状态转变的影响,为个性化微生物的免疫疗法提供线索;⑤ MetaMed提供了一个用户友好的微生物数据预处理流程,获得个性化的人类BGC轮廓。
2019-10-08
国内团队:人类肠道宏基因组数据库——GMrepo
① GMrepo是一个精心挑选和注释的人类肠道宏基因组数据库,用于重用和访问人类肠道菌群宏基因组数据;② 根据样本相关表型组织所收集到的样本,并囊括所有可能的相关元数据,如年龄、性别、国家、BMI和近期抗生素使用情况;③ GMrepo配备图形化查询生成器,使用户能方便地对元数据中的多个指标进行个性化查询;④ 可通过GMrepo获得预先计算的物种丰度、表型内和表型间的流行度以及菌株共现网络等信息;⑤ GMrepo目前包含58903个人体肠道样本/次。
2019-09-04
宁康:对肠型的成见-旧观念与新想法
① 对一系列时空序列数据中人体肠道菌群的肠型转变进行了研究,发现饮食、抗生素使用的年龄均会影响菌群结构;② 通过分析援外医疗队队员肠道菌群的变化,研究水土不服的引发机制,发现菌群肠型的变化,与西式饮食有很大关系;③ 研究了在新疆求学的汉族、哈萨克族、维吾尔族等具有不同遗传背景学生的菌群动态;④ ICU急重症病人的肠型会受疾病状态的影响而发生变化。
2019-05-06
世纪坛医院+中科院计算所+华中科大:长期出国的人,菌群如何变化?
① 10名北京志愿者在国外生活6个月,肠道菌群逐渐转变为当地模式,回国后又很快恢复;② 研究过程中,厚壁菌门和拟杆菌门表现出较强的恢复性,且变化趋势相反,变形菌门和放线菌们也有一定可塑性;③ 追踪比较受试者共同的OTU,发现在国外生活期间,归属于上述四个细菌门的OTU具有独特的时间动态;④ 随着地区和饮食习惯的改变,肠道菌群具有双向可塑性和恢复性,在临床应用和诊断菌群疾病应注意饮食习惯和出行记录,并长期监测疗效。
2018-11-12
华中科大:能区分亚种的菌群分析工具
① Strain-GeMS 主要依据 SNP 差异及其聚类的结果来构建统计模型,进而鉴定和区分亚种;② 在模拟数据集的测试中,该工具较既有的 ConStrains、Sigma 等软件均有较大改进,体现在分类结果更准确、速度更快和假阳性率更低等方面;③ 应用该工具分析人肠道菌群的季节性变化,发现具有季节性变化的菌株有多个亚种组成,而亚种之间的丰度会存在一些差异;④ 将其应用于一项粪菌移植研究数据中,得到了与文中相符的结论;⑤ 该工具使用 Python 编写。
2018-10-05
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2020
2019
公开国家发明专利10余项,获得软件著作权6项。
华中科技大学生命科学与技术学院教授
生物信息与系统生物学系系主任
华中学者特聘教授
2019中国肠道大会GPB杂志专场学术大会主席
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
1998年09月-2003年07月 中国科学技术大学计算机系,学士
2003年08月-2008年08月 新加坡国立大学计算机学院生物信息专业,博士
2007年11月-2010年06月 美国密歇根大学,博士后
2010年08月-2015年03月 中国科学院青岛生物能源与过程研究所,副研究员/研究员
2015年04月-至今 华中科技大学生命科学与技术学院,教授
生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用
创新性的微生物组学实验和数据分析
微生物组学数据库系统的开发
基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘
单细胞数据分析方法开发和应用
蛋白组和调控网络等数据分析
大数据分析算法和高性能计算等
中国生物工程学会-计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国遗传学会-生物大数据专业委员会委员
中国计算机学会-生物信息学专业委员会委员等
亚太生物信息学大会(APBC)等国际会议委员
英国生物技术与生物科学研究理事会(UK-BBSRC)、英国自然环境研究委员会(UK-NERC)等基金评委
担任Scientific Reports,Genomics Proteomics Bioinformatics(GPB)等期刊编委会编委
2015年率队获"国际遗传工程的机器设计竞赛"(iGEM) 金奖