徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所单细胞中心主任、山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全 职加入中科院青岛生物能源与过程所。自2008年来主持国家自然科学基金委科学仪器基础研究专项、重大研究计划重点支持项目、重大国际合作、科技部创新方法工作专项、973课题、中科院重大科研装备研制等项目。论文发表于Science、Plant Cell、PLoS Biology、PLoS Genetics、PNAS、Biotechnology Advances、ISME J、Plant J、Analytical Chemistry、Biotechnology for Biofuels、Bioinformatics等50余篇,专利或专利申请19项。基于“单细胞拉曼分选仪”、“单细胞遗传分析仪”等创新科研仪器体系,其主持的单细胞和元基因组特色技术平台正支撑着产学研合作团队在能源、环境、海洋、健康、农业、地质等领域的微生物群落研究。
第十九次中国暨国际生物物理大会肠道菌群与健康分论坛成功举办
7 月 26 日下午,由中国生物物理学会肠道菌群分会主办的“肠道菌群与健康”分论坛顺利召开。
2021-08-05
徐健、苏晓泉等:用大数据引擎绘制全球菌群转化网络
青岛大学苏晓泉与中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心徐健与团队在mSystems发表研究,提出了一种基于大数据搜索的理论模型,从多个尺度探索不同生态系统之间微生物组的内在关联与演化规律。基于该模型,他们运用前期开发的菌群搜索引擎 MSE和超过17万例样本,计算和绘制了首个全球性的“菌群相互转化网络”,从而刻画出不同生态系统中菌群最可能的演化途径,对于重构历史上曾经存在过的菌群,或设计全新的
2021-07-21
重磅:《肠道产业》2020-2021年度榜单
2021中国肠道大会上,热心肠研究院正式公布了《肠道产业》2021-2021年年度榜单。
2021-07-08
徐健+黄适:菌群和多组学分析揭示何为“牙龈亚健康”
中科院青岛能源所徐健、黄适与研究团队,近期在mBio发表研究,通过对志愿者牙龈健康恶化过程中的牙菌斑菌群、牙菌斑代谢组和唾液细胞因子进行综合分析,首次提出“牙龈亚健康”这一概念,并揭示了牙菌斑菌群在其中的驱动作用和机制,强调了日常口腔清洁以及牙龈亚健康阶段干预的重要性。
2021-03-19
徐健、苏晓泉等:用大数据引擎绘制全球菌群转化网络
① 作者提出了一个菌群转换模型和一个基于网络的分析框架来描述和模拟全球微生物β多样性在多个生境中的变化和扩散;② 作者通过分析具有177,022个样本的转化网络,发现菌群在全球范围内具有内在的同源性,还发现菌群转化具有高度的稳定性和稳健性;③ 从该网络推导出菌群扩散的全局路线图能够跟踪菌群多样性形成和传播的潜在路径;④ 这种基于搜索的菌群网络为追踪全球范围内现有或新菌群的起源和进化提供了一个容易扩展的参考。
2021-07-13
徐健+黄适:菌群和多组学分析揭示何为“牙龈亚健康”
① 纳入40名成人,测定牙菌斑菌群和代谢组及唾液细胞因子在从健康到牙龈炎期间的变化;② 这些测量指标在停止刷牙后1-3天就已迅速改变,标志着牙龈进入亚健康(SoH)阶段,其特征包括11种唾液细胞因子活化、牙菌斑中有潜在保护作用的甜菜碱和罗氏菌快速协同减少;③ 对不同队列的荟萃分析显示,在SoH阶段牙菌斑菌群的组成和功能特征已与牙周炎高度接近;④ 持续的SoH发展能加速牙菌斑菌群衰老,28天内的衰老程度相当于牙龈健康时1年的衰老。
2021-03-09
苏晓泉+徐健:在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台
① MSE 2包含一个扩展的数据库,该数据库包含超过25万个鸟枪宏基因组和16S rRNA基因扩增子的样品,这些样本与来自798项研究中收集到的统一宏数据相关;② MSE 2还包含一个增强的搜索引擎,不仅可以通过分类学而且可以通过功能概况,实时、快速(每次查询<0.5µs)地搜索最匹配的菌群;③ MSE 2还包含一个基于web的图形用户界面,用于用户友好的搜索、数据浏览和辅导;④ 可通过http://mse.ac.cn免费访问MSE 2。
2021-01-19
苏晓泉、徐健等:基于微生物组大数据的疾病检测方法
① 肠道菌群进行疾病诊断手段受到微生物实验的准确性、重现性,及微生物组高通量数据等多方面的影响;② 本研究利用前期的微生物搜索引擎开发了基于菌群大数据搜索的疾病检测新策略;③ 第一步通过计算待测样本相对于数据库中所有微生物数据得到离群微生物组新颖性评分,确定样本健康与否;④ 第一步中检测到的不健康样本与数据库中多种疾病的参照样本比对,进行疾病分类;⑤ 该方法使用便捷、快速、适用范围广,能够降低漏诊和误诊率。
2020-03-17
青岛能源所苏晓泉:一种对鸟枪宏基因组进行全面分类和系统发育比较的新方法
① 确定鸟枪法宏基因组之间的距离对于推断微生物组的β多样性至关重要;② 动态Meta-Storms(DMS)算法,可以在物种水平上对鸟枪宏基因组进行全面的分类学和系统发育比较;③ DMS将已分类的宏基因组物种与内置(或自定义)的系统发育树进行比较,并依据较高级别的分类信息将未分类的物种放置到进化树的虚拟节点上,生成物种间两两的距离矩阵;④ DMS由C++写成,与UniFrac等算法相比,DMS不仅更快,内存消耗更低,分类准确性也有提升。
2019-12-03
中科院徐健团队:基于皮肤菌群的特应性皮炎诊断及疗效评估
① 纳入来自北京、青岛及美国的116名特应性皮炎(AD)患儿及73名健康儿童,分析对比皮肤菌群的差异;② 基于25个皮肤细菌属,能够以86.4%的准确率诊断出AD患儿(AUC=0.90);③ AD患儿的非病变皮肤处的菌群组成与病变皮肤处相似,且与健康儿童的皮肤菌群不同,以金黄色葡萄球菌的富集为特征;④ 利用基于菌群的皮肤健康指数(MiSH),可将症状相同的AD患儿分为2组,2组之间的菌群多样性及治疗效果不同。
2019-08-20
徐健:临床菌群单细胞耐药快检仪的研制与应用
① 构建了细菌拉曼组和单细胞测序两大技术平台,将细菌表型和基因型信息进行整合;② 药物存在下对细菌予以重水饲喂,通过检测细菌“喝水”的能力强弱,来确定单菌的抗生素耐药性和持留态;③ 利用上述细菌耐药性检测原理,已开发出第二代工程样机,可将临床上细菌耐药性的检测时间从36h降低到3h;④ 已经在南方医科大学初步展开应用,现正招募更多合作者。
2019-05-05
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
专利名称:快速筛选嗜热厌氧产乙醇微生物高产乙醇菌株的方法,申请号:CN201010149123.3,状态:(授权)
专利名称:一种生产纤维素乙醇的方法,申请号:CN201010149120.X,状态:(授权)
专利名称:一种超声波介导的微生物遗传转化方法及其应用,申请号:CN201010186403.1,状态:(授权)
专利名称:一种向微拟球藻叶绿体中导入外源DNA的方法及相关的叶绿体基因组序列,申请号:CN201210494514.8,状态:(授权)
专利名称:单细胞表现型数据库系统和搜索引擎,申请号: CN201310105207.0,状态:(授权)
专利名称:一种基于自供能真空微泵的便携式微液滴发生器,申请号:CN201310382774.0,状态:(授权)
专利名称:一种快速区分环境中刺激(污染)物质的方法,申请号:CN201310456140.5,状态:(审中-实审)
专利名称:一种捕获采集细胞/颗粒拉曼光谱的微流控芯片及方法,申请号:CN201310613921.0,状态:(授权)
专利名称:一种快速检测微藻产能过程的方法,申请号:CN201310595881.1,状态:(授权)
中国科学院青岛生物能源与过程所单细胞中心主任
山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
2008年入选中科院“百人计划”并全 职加入中科院青岛生物能源与过程所。自2008年来主持国家自然科学基金委科学仪器基础研究专项、重大研究计划重点支持项目、重大国际合作、科技部创新方法工作专项、973课题、中科院重大科研装备研制等项目。论文发表于Science、Plant Cell、PLoS Biology、PLoS Genetics、PNAS、Biotechnology Advances、ISME J、Plant J、Analytical Chemistry、Biotechnology for Biofuels、Bioinformatics等50余篇,专利或专利申请19项。基于“单细胞拉曼分选仪”、“单细胞遗传分析仪”等创新科研仪器体系,其主持的单细胞和元基因组特色技术平台正支撑着产学研合作团队在能源、环境、海洋、健康、农业、地质等领域的微生物群落研究。
1993-1997,北京大学,获学士学位
2000-2003,华盛顿大学,获博士学位
2004 -2008,华盛顿大学,团队负责人
2008 –今,中科院青岛生物能源与过程所,研究员
单细胞水平的功能基因组学
系统生物学和合成生物学
围绕微生物高效整合生物加工(CBP)的原理和机制
Algal Research、Applied and Environmental Microbiology等编委
中国微生物学会国际合作委员会委员
首届中组部万人计划青年拔尖人才计划(2012)
科技部中青年科技创新领军人才推进计划(2013)
基金委杰出青年基金(2014)