方晓东
深圳华大基因科技服务有限公司 副总裁&首席技术官、广州中医药大学研究员
哥本哈根大学生物信息学博士,深圳华大基因科技服务有限公司副总裁,首席技术官,广州中医药大学研究员。一直从事与基因组学大规模数据采集、分析和挖掘的科研活动和大规模基因组中心的运营和管理工作。了解生命科学领域的研究和产业发展方向,参与生物信息软件、流程开发,熟悉大规模基因组中心、生物信息学中心的筹建、运营和规划。熟悉新一代测序技术等高通量平台的技术特点和各种测序应用类型的数据特征、分析思路、方法策略。研究结果在包括Nature,Science等国际学术期刊发表文章30多篇,其中并列一作、并列通讯作者文章10多篇,平均影响因子在10分以上。
浸会大学卞兆祥等:菌群产生的长链饱和脂肪酸可促进排便
① NMS模型大鼠存在结肠运动加速和肠道菌群失调,其结肠内长链饱和脂肪酸(SLCFA)增多;② 含量最高的是十七烷酸和硬脂酸,可促进大鼠结肠肌肉收缩、增加排便频率;③ SLCFA的增多与普氏菌属、乳杆菌属和别样杆菌的丰度上升相关;④ NMS大鼠肠道菌群中,与长链脂肪酸生物合成相关的基因通路富集,必要合成基因Fabs存在于上述三个菌属中;⑤ 粪菌移植表明,NMS大鼠的菌群可增加排便频率和结肠内细菌生成的SLCFA,抗生素处理可逆转这些现象。
2018-06-14
华大基因等:植物-固氮菌共生的进化机制
① 根瘤菌共生固氮仅在豆目、葫芦目、山毛榉目和蔷薇目的部分植物中存在,植物控制结瘤的分子基础尚不清楚;② 完成了10种非结瘤植物的全基因组测序,与已有的结瘤或非结瘤植物基因组一起,共37种进行比较基因组学分析;③ 比较各植物基因组中结瘤起始因子(NIN)、感染、根瘤发育和共生体形成相关的20余基因的获得和丢失事件;④ 发现NIN和感染相关的RPG基因丢失在非结瘤植物中非常常见,可能对调节植物根瘤共生体的形成具有重要意义。
2018-05-24
徐存拴+魏泓+方晓东等:首个中国大鲵编码基因参考文库
① 通过构建高质量编码基因数据库,助力中国大鲵研究;② 对成年娃娃鱼的24个组织进行转录组测序,共得到93366个非冗余转录片段,平均长度为1326bp;③ 首次开发了用于构建高质量中国大鲵参考基因集的高效数据处理管道,并获得了26135个编码基因序列;④ 质量评估软件BUSCO及同源性分析结果显示,构建的基因集涵盖了脊椎动物通用单拷贝中70.6%的同源序列;⑤ 与西藏青蛙蛋白组数据库质量相当的情况下,新构建的转录基因集对编码序列的覆盖度更高。
2017-03-01
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2018
CABioinformatics applications on Apache Spark
GigaScience, 10.1093/gigascience/giy098
获得专利3项,软件著作权3项。
深圳华大基因科技服务有限公司 副总裁&首席技术官
广州中医药大学研究员
哥本哈根大学生物信息学博士,深圳华大基因科技服务有限公司副总裁,首席技术官,广州中医药大学研究员。一直从事与基因组学大规模数据采集、分析和挖掘的科研活动和大规模基因组中心的运营和管理工作。了解生命科学领域的研究和产业发展方向,参与生物信息软件、流程开发,熟悉大规模基因组中心、生物信息学中心的筹建、运营和规划。熟悉新一代测序技术等高通量平台的技术特点和各种测序应用类型的数据特征、分析思路、方法策略。研究结果在包括Nature,Science等国际学术期刊发表文章30多篇,其中并列一作、并列通讯作者文章10多篇,平均影响因子在10分以上。
哥本哈根大学生物信息学博士
2006. 06至今任职于华大基因科技服务有限公司
通过对基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多个层面的组学数据进行分析和整合,探索生物的演化、发育、适应的分子机制,以及重大疾病发生发展的分子机理。
2010年被评为深圳市国家级领军人才
2016年被评为深圳孔雀人才