江晓芳
麻省理工学院-哈佛大学博德研究所博士后
江晓芳:可逆启动子介导肠道中的细菌相变、抗生素耐药和对宿主的适应
① 可颠换元件是指在细菌基因组中方向可以改变的一段DNA序列,最常见的是可颠换的启动子;② 通过开发PhaseFinder程序,在5.4万个细菌基因组中的2414个中找到了4686个该类元件;③ 进一步发现该类元件在宿主相关细菌中存在更多,富集于膜蛋白、抗性相关基因;④ 宿主选择压力或许是塑造可颠换元件方向的主要力量,而粪菌移植和抗生素处理可以改变可颠换元件的方向。
2019-05-05
Science:肠内生存不易,倒位子或是细菌适应肠道环境的利器
① 倒位子(inverton)是能发生可逆性倒位的基因间区域,是细菌适应环境的一种遗传机制;② 开发算法从5万多个细菌基因组中鉴定出4686个倒位子,在肠道菌中较普遍;③ 含有启动子的倒位子大多调节胞外产物,如荚膜多糖,提示细菌表面结构多样性对其在肠道内定殖的重要性;④ 抗生素抗性基因的启动子,其所处倒位子的方向可在抗生素处理后从“关闭”变为“打开”;⑤ 同一菌株的倒位子在粪菌移植后可改变方向,体现宿主施加的选择压力有个体差异。
2019-01-11
Science子刊:IBD及IBS患者的肠道菌群组成及功能变化
① 对1792名受试者(355名IBD患者、412名IBS患者、1025名健康人)的粪便样本进行宏基因组测序;② IBD及IBDS患者的肠道菌群有大量相似之处,在物种和菌株水平上,两者也存在显著差异;③ 与健康人相比,IBD及IBS患者的某些肠道细菌生长速率发生变化;④ IBD及IBS患者的肠道菌群中,氨基酸、神经递质、维生素的生物合成及复杂碳水化合物的降解等相关通路发生改变,且毒力因子的丰度增加;⑤ 患者肠道菌群组成的变化影响了抗生素耐药基因的携带。
2018-12-19
简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响
① 60名健康受试者分组,短期食用标准化液体营养餐后,额外添加不同补充剂,分析肠道菌群对短期高度控制的饮食和特定益生元的反应;② 摄入益生元(菊粉和果胶)引起了受试者菌群中特定成员和功能基因发生普遍、可预测的明显变化,表明人肠道内存在精细的资源分配;③ 而非益生元补充剂则没有引起这种可预测的菌群反应;④ 标准化液体营养餐没有减少菌群的日间变化性,但增加了个体间的相似性,并诱导了菌群的应激式反应,伴随菌群多样性降低。
2018-08-23
GM:IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌
① 对20名IBD患者和12名健康人的每月粪便样品(266个)进行宏基因组测序,发现患者体内可耐受增加的肠道氧化应激的兼性厌氧菌丰度明显升高;② IBD患者体内的活泼瘤胃球菌大量增殖,且通常与疾病活动度增加同时发生,鉴定出两种金黄色葡萄球菌,其中一种在IBD患者体内富集;③ 对IBD患者体内分离的9个菌株进行测序,鉴定了199个参与氧化应激反应、粘附、铁获取及粘液利用的IBD特异性、菌株特异性基因;④ 上述基因赋予活泼瘤胃球菌适应性优势。
2017-11-28
简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响
① 60名健康受试者分组,短期食用标准化液体营养餐后,额外添加不同补充剂,分析肠道菌群对短期高度控制的饮食和特定益生元的反应;② 摄入益生元(菊粉和果胶)引起了受试者菌群中特定成员和功能基因发生普遍、可预测的明显变化,表明人肠道内存在精细的资源分配;③ 而非益生元补充剂则没有引起这种可预测的菌群反应;④ 标准化液体营养餐没有减少菌群的日间变化性,但增加了个体间的相似性,并诱导了菌群的应激式反应,伴随菌群多样性降低。
2018-08-23
麻省理工学院-哈佛大学博德研究所博士后
2010年,武汉大学,生命科学学士
2016年,弗吉尼亚理工大学,遗传学、生物信息学和计算生物学博士
2010 - 2011年,北京微生物学与流行病学研究所病原体与生物安全国家重点实验室,本科生研究员,导师:童贻刚
2011–2016年,遗传学、生物信息学和计算生物学跨学科课程,研究生研究员,导师:Zhijian Jake Tu
2016年-至今,麻省理工学院-哈佛大学博德研究所,微生物信息学和治疗中心,博士后,导师: Eric Alm 和 Ramnik Xavier