王金锋
中国科学院北京生命科学研究院副研究员
博士,副研究员,研究生导师。主要从事微生物组学和生物信息学方向的研究,聚焦人体共生菌群与宿主健康之间的密切联系。迄今已在Gut,Nature Communications,Genome Biology,The ISME Journal和Environmental Microbiology等杂志上发表第一(或并列第一)作者和通讯作者论文16篇,合作发表论文20余篇,多篇入选ESI高被引论文。作为项目负责人主持了3项国家自然科学基金课题,其中2016年至2018年连续2次获得面上项目资助,并承担了国家重点研发计划生物安全项目子课题、中国科学院重点部署项目微生物组计划子课题、技术创新项目等。
北京师范大学团队:空气污染增加新生儿黄疸风险
① 纳入北京市25782名新生儿数据,并收集同期空气污染监测站的数据;② 暴露在PM2.5浓度在10-35、35-75、75-200ug/m3的儿童,其胆红素水平随着PM2.5的浓度每增高一个单位,胆红素分别增高0.076、0.029、0.009mg/dL;③ 暴露于SO2浓度10-15、>15ug/m3的儿童,其胆红素随着SO2浓度每增高一个单位,分别增高0.094、0.161mg/dL;④ 胆红素水平随着CO增加一个单位,每增加0.351mg/dL;⑤ 胆红素的增加与上述污染物的暴露时间呈线性递增关系。
2019-08-20
赵方庆团队:洗牙后口腔菌群的变化和重建
① 对9名个体洗牙前和之后3个月11个时间点采样,分析唾液和牙菌斑菌群的纵向变化;② 牙菌斑菌群在整个过程中波动明显,洗牙后7小时到3天,其组成与洗牙前差异最大;③ 唾液菌群相对稳定,是牙菌斑菌群的主要补充来源;④ 牙菌斑生物膜的菌群组成变化可分3个时期:洗牙后菌群解构,1天后严重偏离原始状态,3天后重建直至逐渐恢复;⑤ 聚类和共现网络分析显示,在中期变化剧烈的细菌与早期定植菌发生互作,可能在牙菌斑生物膜发育中有关键作用。
2019-06-20
赵方庆等:孕期健康可塑造新生儿的初始菌群
① 分析486名孕妇和新生儿出生时多个身体部位的样本(口腔、咽喉、肠道等);② 新生儿样本中有丰富的细菌类群,不同部位菌群各有特征,提示新生儿的菌群定植应发生在出生前;③ 患妊娠期糖尿病(GDM)的孕妇及其新生儿的菌群明显改变,二者间存在一致的变化趋势,不同部位的菌群结构差异降低,某些细菌与口服糖耐量试验结果强相关;④ GDM新生儿胎便的菌群均匀度降低、代谢功能通路减少、某些病毒丰度上升;⑤ GDM改变孕妇及新生儿出生时的菌群。
2018-05-14
赵方庆团队:突破宏基因组组装难题的新方法MetaSort
① 大部分分析宏基因组数据的现有方法有赖于参考基因组,而新的微生物群落的数量远远超出参考数据库的覆盖范围,从复杂的微生物群落做从头合成的宏基因组组装仍然是巨大挑战;② 研究者建立了新的实验和生物信息学平台MetaSort,用于宏基因组样本中细菌基因组的有效组装;③ MetaSort提供基于流式细胞仪和单细胞测序方法学的分类迷你宏基因组方法,并采用新的计算算法以有效地从分类迷你宏基因组并结合原始宏基因组中重建高质量基因组;④ MetaSort在基因组重建和组装中表现优异且无偏性,利用它分析在一种海藻表面定殖的未被探究的菌群,一次性成功重建75个高质量基因组。
2017-01-23
Current Biology:动物瘤胃微生物如何适应高海拔?
① 高原牦牛(藏绵羊)vs黄牛(普通绵羊),产短链脂肪酸高,甲烷排放低;② 瘤胃宏基因组揭示:高原动物短链脂肪酸形成通路基因富集,而平原动物甲烷形成通路基因富集;③ 胃粘膜转录组揭示:牦牛短链脂肪酸运输和吸收相关基因显著上调,这预示宿主和肠道微生物的协同进化,并揭示高原动物能更好吸收和利用短链脂肪酸。
2016-06-15
赵方庆团队:有效关联物种谱和功能基因谱的新方法
① 开发能同时获得16S rRNA V4/6高变区及上游蛋白编码基因序列的RiboFR-Seq技术;② 可建立16S rRNA与宏基因组拼接序列的物理关联,校正或补充彼此注释结果,实现准确无偏的数据解析,快速、准确和全面地解析微生物组成和功能;③ 实现对宏基因组中16S rRNA拷贝数的测定,修正由于16S rRNA拷贝数差异导致的菌群丰度估计偏差;④ 利用“桥连序列”信息,对16S扩增子和全基因组测序拼接结果进行重新注释,可辅助宏基因组数据的拼接和组装。
2016-03-16
赵方庆团队:噬菌体与细菌在人体口腔如何相互作用?
① 利用细菌基因组成簇规则间隔的短回文重复序列(CRISPRs)构建口腔细菌-噬菌体交叉侵染关系网络;② 通过高通量网络化模式表征噬菌体和细菌在人体生态系统中的捕食关系;③ 结果显示,多数噬菌体仅侵染一种细菌,某些可被成为“交叉侵染噬菌体”的噬菌体有侵染两种(甚至不同属)以上细菌的能力;④ 交叉侵染噬菌体在丰度上与口腔益生菌存在正相关性,而与牙周致病菌群体呈负相关。
2015-07-21
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2020
2019
中国科学院北京生命科学研究院副研究员
博士,副研究员,研究生导师。主要从事微生物组学和生物信息学方向的研究,聚焦人体共生菌群与宿主健康之间的密切联系。迄今已在Gut,Nature Communications,Genome Biology,The ISME Journal和Environmental Microbiology等杂志上发表第一(或并列第一)作者和通讯作者论文16篇,合作发表论文20余篇,多篇入选ESI高被引论文。作为项目负责人主持了3项国家自然科学基金课题,其中2016年至2018年连续2次获得面上项目资助,并承担了国家重点研发计划生物安全项目子课题、中国科学院重点部署项目微生物组计划子课题、技术创新项目等。
2000.09—2004.07,沈阳师范大学,学士
2004.09—2007.07,南京师范大学,硕士
2007.09—2010.07,中国科学院海洋研究所,博士
2011.01—2015.12,中国科学院北京生命科学研究院,助理研究员
2016.01—至今,中国科学院北京生命科学研究院,副研究员、硕士生导师
微生物互作与菌群塑造。致力于人体微生物组学数据的分析和挖掘,基于新一代高通量测序和生物超算技术,结合自主开发的宏基因组学实验方法和计算工具,研究复杂菌群中微生物之间的互作关系,重点关注噬菌体和获得性免疫元件CRISPRs参与的微生物群落组成与变化,揭示它们在生物膜形成、菌群演替和动态平衡中发挥的生物学作用。
人体微生物组与健康。研究不同人体位点的微生物组,特别是新生儿的菌群发生和定植、健康和疾病等过程,以此揭示人类生命初始阶段人体菌群的形成机制,以及不同病理条件下微生物群落的组成、代谢功能及其变化特征。整合基因组学和计算生物学研究手段,探索菌群变化及其对人类健康的影响等科学问题,为相关疾病的检测和预防提供有价值的信息。