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Alexandra Sirota-Madi
文章数:4篇
代谢组学
Nature子刊:基于扩增子或宏基因组测序,预测菌群代谢组
分析菌群代谢组有助于阐释菌群功能,但是对大规模样本进行代谢组学分析还是比较困难且昂贵的。Nature Communications近期发表一项研究,开发了一种算法,可通过机器学习,基于宏基因组或扩增子数据来预测菌群的代谢组,值得专业人士关注。
代谢组学
宏基因组学
微生物组
机器学习
Chengjia Qian
炎症性肠病
Nature子刊:IBD的肠道宏基因组与代谢组
炎症性肠病(IBD)相关的肠道菌群研究,今年取得了不少进展。美国Broad Institute的牛人Ramnik J. Xavier团队,本周在Nature Microbiology发表了最新研究,用非靶向代谢组学和宏基因组学方法,分析了克罗恩病和溃疡性结肠炎患者以及非IBD个体的粪便样本,鉴定出与IBD相关的代谢物、菌群物种和酶,以及彼此间的关联,建立了基于代谢组和宏基因组的预测模型,并且这些发现在另一个独立队列样本中也大多得到验证,为深入研究IBD中菌群与代谢物的关联和机制打下基础,也提供了不少潜在的IBD诊断标志物和治疗靶点。
炎症性肠病
克罗恩病
溃疡性结肠炎
队列研究
肠道微生物组
脲酶
STM:细菌脲酶引起肠道菌群失调并恶化IBD
这是Science Translational Medicine[IF:16.796]最新发表的关于表达脲酶的大肠杆菌如何通过引起肠道菌群的有害变化从而恶化小鼠炎症性肠病的研究,值得专业人士好好看看。
脲酶
克罗恩病
Ellen Blaak
Dorien Reijnders
宏基因组数据
Science:从“静态”数据获得肠道菌群“动态”信息
这是2015年,Eran Elinav,Eran Segal等人发表在Science的重要生物信息学研究,通过单一宏基因组样品数据的挖掘,找到获知肠道菌群生长速率的方法。很强大,很神奇,值得关注。
宏基因组数据
Purna C Kashyap
Yogesh Bhattarai