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Bioinformatics
文章数:7篇
丰度
Bioinformatics:实现亚菌株水平的宏基因组分析新法
关于更精准分辨菌群物种(达到亚菌株水平)的生物信息方法学文章一篇,特别推荐!
丰度
菌株水平
宏基因组数据
Tal Capucha
Noam Koren
MetaOthello分类器
Bioinformatics:大幅提高宏基因组分类速度的新算法!
又一篇关于提高针对宏基因组的算法效率的方法学文献,特别推荐!
MetaOthello分类器
k-mer特征
错误发现率
Bioinformatics:控制错误发现率结合进化树可增加宏基因组水平的多重检验能力
① 整合进化树分析可提高宏基因组关联分析的检测能力,但涉及到进化树相关的多重检验校正,目前研究考虑较少;② 我们提出新的错误发现率(FDR)控制流程,它基于一种层次模型,可借用邻近物种信息提高统计能力;③ 在进化树信息错误或无用时,我们的方法与传统方法的检验能力相近;④ 在论文中的模拟数据和真实数据上,我们的方法相比于传统方法可获取更多信息;⑤ 相关R包StructFDR已发布并可供使用。
错误发现率
多重检验校正
进化树
系统发育树
统计分析
微生物-环境互作
Bioinformatics:傻瓜式可视化微生物-环境互作的服务器
介绍一个直观的可视化网络平台,感兴趣的人可以去探索探索。
Calypso
微生物-环境互作
Lili Tao
Tiffany A Reese
抗生素耐药性
Gut Microbes:抗生素使用后,宏基因组序列旧去新来
使用头孢丙烯7天,宏基因组序列显著缺失,3个月后新序列出现,而这些序列在之前没有出现过,很多与耐药性有关。抗生素对菌群的影响,可见一斑。
抗生素耐药性
宏基因组测序
比较宏基因组
Wei Li
Xiaogang Luo
生物信息
Bioinformatics:发现并可视化核心菌群的新平台
随着宏基因组研究的推进,新的软件和方法涌现,这篇文章介绍的MetaCoMET,值得大家看看。
MetaCoMET
生物信息
方法学
核心菌群
微生物成分数据
一个用于分析纵向微生物成分数据的两部分混合效应模型
① 高通量测序获得的微生物成分数据高度扭曲且极为稀疏; ② 本文提出了一种带有随机效应的两部分零膨胀β回归模型(ZIBR); ③ 此模型用于通过纵向微生物组数据分析微生物丰度与临床协变量之间的相关性。
微生物成分数据
混合效应模型