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Bryan D Merrill
文章数:4篇
人类肠道微生物组
Cell:超深度测序揭示出原始部落中惊人的肠道微生物多样性
目前的人类微生物组研究中,大部分数据都来自工业化人群,而对非工业化人群的微生物组所知有限。Cell最新发表了来自斯坦福大学Sonnenburg团队的研究,对351份坦桑尼亚哈扎人(Hadza)的粪便样本进行了难得的超深度测序,获得了迄今最大规模的狩猎采集者肠道微生物组测序数据,极大扩充了对人类肠道微生物组多样性的认知。通过对这些数据进行深入分析,该研究探究了哈扎人的肠道微生物组特征、微生物复制率和人际间的菌株共享规律等方面,并与其他生活方式人群进行了对比,鉴定出与生活方式(工业化vs非工业化)有关的肠道物种及其功能特征和差异。该研究显示了超深度测序在研究人类微生物组方面的潜力,再次强调了伴随工业化进程而大量消失的肠道微生物多样性(哈扎人的平均肠道物种数为730,而加州人只有277),且工业化和非工业化人群中独有的肠道微生物类群在功能上并不冗余,可能反映了微生物对不同生活方式下的肠道环境的适应。该研究的所有数据和分析结果都免费公开,为人类肠道微生物组研究提供了宝贵资源,也为理解共生肠菌的生态学和演化提供了新信息。
人类肠道微生物组
宏基因组
工业化
狩猎采集者
超深度宏基因组测序
细菌-噬菌体互作
Cell子刊:挖掘肠道微生态中的“暗物质”——未知噬菌体
肠道噬菌体是肠道微生态的重要组成部分,但是收到的关注较少。Cell Host and Microbe近期发表研究,通过分离27株多形拟杆菌噬菌体以及基因组分析,发现了在人肠道宏基因组中广泛存在的但未被解析的噬菌体群体,及其感染细菌的相关基因,为研究肠道噬菌体建立的一种可借鉴的方法。
细菌-噬菌体互作
Bacteriophage
phage isolation
comparative genomics
gut microbiome
细菌-噬菌体互作
Nature子刊:荚膜多糖和脂蛋白或可影响多形拟杆菌对噬菌体的敏感性
细菌表面的结构决定了其自身与噬菌体的相互作用。人肠道中的拟杆菌能产生几种相位可变的荚膜多糖(CPSs),但它们对噬菌体相互作用的贡献尚不清楚。Nature Microbiology发表的文章,为了了解CPSs如何影响拟杆菌-噬菌体间的相互作用,研究者从美国的两个地点分离了71种感染拟杆菌的噬菌体,发现多形拟杆菌的CPSs介导噬菌体对拟杆菌的侵染,并且当CPSs缺失的情况下,多形拟杆菌可通过改变相变脂蛋白的表达来逃脱噬菌体侵染。本研究结果揭示了细胞表面CPSs和脂蛋白的重要作用,或对噬菌体疗法具有重要意义。
细菌-噬菌体互作
多形拟杆菌
荚膜多糖
脂蛋白
代谢产物
Nature:首次明确肠道特定细菌代谢特定氨基酸的产物
这是Nature杂志刚刚上线的重要文献,通过生物信息学工具,分析出梭状芽胞杆菌代谢芳香族氨基酸的代谢产物,发现其中9种可进入体循环,并行使重要的生理作用。这是针对特定细菌对氨基酸的代谢的重要基础性研究工作,对理解哺乳动物与菌群的共代谢机制具有重大意义,值得认真读一读!
代谢产物
芳香族氨基酸
生孢梭菌