Fiona J Whelan

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Fiona J Whelan

文章数：4篇

肺囊性纤维化

Nature子刊：富集培养结合宏基因组测序，分析囊性纤维化肺部菌群

16S rRNA基因测序能确定微生物组成和相对丰度。然而，需要元基因组测序来确定一个群落的遗传作用和功能潜力。宏基因组学在以宿主DNA为主的样本中具有一定困难，例如来自皮肤、组织和呼吸道的样本，往往存在非微生物DNA的污染。为解决这一问题，Nature Microbiology最近发表的研究，把16S rRNA基因测序、宏基因组测序与平板富集培养相结合，开发了一种平板覆盖算法（PLate Coverage Algorithm，PLCA），分析了囊性纤维化肺部菌群。结果表明，培养富集与直接测序相结合，能增加可观察到的菌群分类多样性，其中包括直接测序不能检测到的微生物群，并且对微生物的功能注释更加全面。将PLCA应用于先前发表的，通过培养富集的肠道菌群数据，证明该算法并不局限于肺微生物组或特定的培养条件。本研究提供的方法或更好地帮助了解人类微生物群在健康和疾病中的作用。

肺囊性纤维化肺部菌群 PLate Coverage Algorithm 呼吸道菌群 Kim B Jensen

AATS：囊性纤维化患者的菌群进化

① 本文选取3组共45名囊性纤维化患者，收集18-21岁间的痰液样本，采用比较队列研究探讨囊肿性纤维化（CF）菌群随时间的变化情况；② 三组队列均表现出健康改善和进行改善疾病治疗的趋势；③ 最近的队列菌群多样性增加，β多样性与过渡队列相关；④ 假单胞菌为主的样品比例随时间下降，而链球菌增加；⑤ 三组CF连续队列的菌群组成和结构发生了适度变化，与临床症状改善情况一致，但核心菌群保持不变。

假单胞菌链球菌肺部菌群囊性纤维化

囊性纤维化

Microbiome：氨曲南如何影响囊性纤维化患者肺部菌群？

关于使用抗生素后，口腔、肺部菌群如何改变的研究，同时也研究了丰度不同的菌如何影响对抗生素治疗的应答，很值得一读。

囊性纤维化氨曲南肺部菌群 microbiota AZLI

GM：丰度大于0.1%的粪菌，95%可培养出来！

关于粪便中哪些菌能被培养出来的话题，是最近火热的话题，Genome Medicine这篇文章，提供了一个新方法，推荐给大家。

culture-enriched molecular profiling 16s rRNA测序细菌培养 Lingli Zhang Wei-Yun Zhu