AC Martiny

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ISME：不要随便说1%的微生物可培养

生死看淡，不服就干，Martiny毫不示弱指出物体什么时候是相同的或不同的，取决于一个人是如何定义这个问题的，以及基于测试它的特定的环境，你会得到不同的答案；并指出Steen和他的同事的分析是对H2范式的测试，其分析中增加罕见成员或测序错误的代表应该会导致观察到低的可培养率，并分析指出他们对类群相似性进行狭义的定义也能得出大多数微生物类群还没有被培养。Martiny也通过海洋蓝藻、原绿球藻来举例论证，表明答案是根据你的标准而异，最后指明我们的研究方向。在参考高丰度菌种(相对丰度>0.1%)的情况下，一般在动植物相关的研究中，50-70%左右的细菌可培养已经被广泛报导，如水稻（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。

1%可培养分类群培养组

ISME：对1%的微生物可培养说不，大部分的细菌是可培养的

只有1%的微生物是可培养的，这一范式对我们理解微生物生态学产生了深远的影响，并且仍然是大多使用分子工具来描述微生物群落的主要动机。然而，这一点经常被模糊地表达，表明一些科学家对该范式有不同的见解。此外，在培养技术方面的实质性进展表明这种范式可能不再正确。为了量化六个主要生物群落中细菌的可培养性，本文作者发现，已知可培养亲缘细菌的16S rRNA相似性中值为97.3±2.3% (s.d.)。此外，52.0±24%的序列和34.9±23%的类群(定义为>97%相似性)有一个密切相关的可培养的亲缘关系。因此，许多环境中的细胞和类群可以用已知的技术进行培养，这表明1%的范式不再正确。目前有大量研究表明，在人、动物、植物相关的微生物组中，大部分的细菌是可培养的，如水稻根中获得了近70%高丰度类群（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。此外培养组技术也快速发展，进一步提高可培养比例，如强大的培养组学，让可培养肠道微生物增加一倍（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045515144）。

1%可培养细胞类群亲缘关系培养组学

微生物性状

Science：从系统发生的角度，如何看待微生物组的性状？

① 通过系统学特点的角度分析微生物的性状，为研究人员对大量微生物组数据的分析提供了一条道路；② 本篇综述总结重要的微生物性状，同时对研究系统发生分布的方法做了汇总；③ 最近的研究发现不同微生物性状在进化树层次中相对保守，这与其复杂的生物化学特性有关；④ 这些结果表明一个基于基因或分类指导的微生物组变化的可预测的框架，可以推测出在自然选择下形成的生物性状的相关信息。

微生物性状系统发生