杨瑞馥团队研究论文集

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杨瑞馥团队研究论文集

文章数：7篇

保加利亚乳酸杆菌

张和平+杨瑞馥团队：破解保加利亚乳杆菌的基因秘密

① 保加利亚乳酸杆菌是发酵乳制品中常用菌株； ② 基于8个保守基因分析蒙古、俄罗斯及中国西部的天然发酵制品中的298株菌株； ③ 251个确认的菌株拥有106个独特的序列类型，可被分为5个地理分布不平均的clonal complex； ④ 种群结构分析显示6个linegae。

保加利亚乳酸杆菌基因多样性种群结构 Nicole Dubilier Nicole Dubilier

Human microbiota

杨瑞馥等：精准医学，别忽视菌群这个“器官”！（综述）

杨瑞馥老师的综述，下次有空可以请杨老师给群友们讲讲基于菌群的精准医学，大家感觉如何？

Human microbiota health Precision Medicine Meiling Zhang Menghui Zhang

全基因组分析

副溶血弧菌：一种自由生活的海洋病原体的流行性克隆、海洋基因库和生态连锁失衡研究

① 副溶血性弧菌（VP）是一种自由生活的和海产品相关的海洋细菌，每年会引起世界各地成千上万的人感染；② 本研究把有性繁殖种群的分析理念和方法应用于副溶血弧菌，根据全基因组变异重建其精细种群结构，发现该物种的独特海域性基因库；③ 通过建模计算，提出“生态连锁失衡”是其主要进化推动力，并鉴定出具有与生物膜形成和六型分泌系统相关的上位相互作用区；④ 该研究为高频重组细菌进化分析提供了全新范例。

全基因组分析副溶血弧菌海洋微生物菌种进化生物膜

PNAS-2013：杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律

① 鼠疫耶尔森氏菌是鼠疫病原体，本文对133株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析，并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系；② 结果表明该菌进化以中性过程为主，但种系间突变率存在很大差异，各进化分支上变异累积速度显著不同；③ 进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响，造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化；④ 本研究将有助于进一步探索鼠疫耶尔森氏菌的进化机制、致病性及其传播的历史模式。

Paul W O'Toole Paul W O'Toole

杨瑞馥老师研究论文集

NEJM2011：杨瑞馥等，3天破解致病菌全基因组

2011年，杨瑞馥、覃俊杰等老师的经典之作。

杨瑞馥老师研究论文集 Jia Xu Fengmei Lian Liping Zhao Xiaolin Tong

中国青海省一起狗引发的原发性肺鼠疫暴发

① 2009年7月，中国青海省爆发了原发性肺鼠疫情（PPP）；② 应用临床医学，流行病学，细菌学和免疫学的方法，分析得出此次PPP是由鼠疫耶尔森菌引起的；③ 从患者和狗体内分离出7株鼠疫杆菌，使用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法进行溯源，结果表明疫情源自一条家养狗，这只狗可能是被患病的土拨鼠所感染的；④ 该研究提示狗与原发性肺鼠疫存在相关性，这对于鼠疫的监测和控制工作具有重要意义。

Shan-Shan Zhou Jun Xu Hong Shen Song-Lin Li

全基因组序列分析鉴定鼠疫耶尔森菌的全球系统发生多样性模式

① 17个全球来源的鼠疫耶尔森氏菌分离株的完整基因组分析显示进化模式几乎相同；② 筛选出286 株鼠疫杆菌的933个SNPs进行系统发育分析，推断鼠疫历史传播途径；③ 进化分析推断鼠疫杆菌的系统发育起源于中国或其附近地区，通过多种辐射传播到欧洲、南美、非洲和东南亚，并形成国家特异性的种系；④ 来自美国和马达加斯加的626和82个分离种分别反映出一种传播途径和第二次传播迹象；⑤ 鼠疫杆菌的局部微进化是以顺序性、地理上特定的SNP为特征。

Zhihong Sun Hugh M B Harris Angela McCann Chenyi Guo Silvia Argimón