Denis Bertrand

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Denis Bertrand

文章数：4篇

宏基因组组装基因组 (MAG)

Nature子刊：基于混合测序的东南亚人高质量肠道微生物基因组集合

新加坡基因组研究所等机构在Nature Communications发表了最新研究，借助于二三代混合测序，结合Hi-C技术，对新加坡地区东南亚人的肠道菌群进行了以基因组为中心的研究，获得了数千个肠道微生物的高质量基因组，显著提升了现有基因组的质量，发现了大量新的代谢产物合成基因簇，揭示了东南亚人群肠道菌群的多样性特征，强调了基于混合宏基因组测序的参考基因组在生物多样性和潜在代谢产物挖掘中的重要性。

宏基因组组装基因组 (MAG) 混合宏基因组测序

Nature子刊：产碳青霉烯酶肠杆菌科如何改变肠道菌群

肠杆菌科细菌（CPE）产生的碳青霉烯酶可降解碳青霉烯类，使机体产生抗生素耐药性。目前CPE在肠道菌群的长期定植可能导致CPE感染病例的快速增加，引起社区传播，危及生命，是公共卫生关注的一个领域。Nature Microbiology近期发表的文章，描绘CPE定植者及其家庭成员在12个时间点的肠道菌群生态和进化动力学，为研究多重耐药细菌的定植如何改变肠道生态，以及如何在没有明显感染和抗生素使用的情况下转移耐药基因提供参考。

肠道生态产碳青霉烯酶肠杆菌科

医院微生物组

Nature子刊：深入分析医院环境微生物组，揭示隐藏的致病菌和抗生素耐药性

院内感染是全球医疗系统共同面临的挑战，尽管消毒是控制感染的关键，但我们对医院环境微生物的定殖分布和抗生素耐药性情况，仍缺乏了解。《Nature Medicine》最新发表了来自新加坡基因组研究院Niranjan Nagarajan团队主导的研究，李陈浩博士为并列第一作者。该研究对新加坡一家医院45张床位相关的179个位置进行多时间点的重复采样，通过深度鸟枪法宏基因组测序、富集培养结合二三代测序等方法，首次深入刻画了医院中的微生物组、病原体和抗生素耐药基因及相关可移动元件的时空分布和动态变化，表明一些多重耐药致病菌株可在医院内广泛传播并稳定长期留存，从而伺机造成院内感染。这些发现为未来进一步研究如何预防院内感染提供了宝贵信息。

医院微生物组 disease prevention Microbial genetics 院内感染多重耐药微生物

宏基因组学

Nature子刊：宏基因组二、三代混合组装新软件OPERA-MS

二代测序通量高、准确度高，但读长短；三代测序读长长，但错误率高、成本高。将这两者的优势结合，目前在宏基因组领域还没有得到广泛应用，存在很多技术难题没有解决。近日，来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款二、三代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。这一重镑成果于7月29日发表于世界顶级期刊《Nature Biotechnology》。

宏基因组学 Clinical microbiology Genome assembly algorithms metagenomics Jing-Min Liu