Francis Y L Chin

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Francis Y L Chin

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IDBA-UD：宏基因组和单细胞组装工具

IDBA-UD是目前宏基因组最常用的三款拼接软件之一，另外两个分别为拼接结果最快的MEGAHIT（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1051360183）和最长的metaSpades。IDBA—UD的速度和内存消耗介于两者之者，是平衡的选择，优点也较多，可实现从小到大迭代k，还通过局部组装重建缺失的k-mers，并通过迭代地去除低深度重叠群来去除错误。最近Nature Biotechnology的文章也选用了些方法组装（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066063689）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Bente Øvrebø