2019 年，全球肠道领域研究继续高歌猛进，取得了颇多令人瞩目的进展。
这一年《热心肠日报》 解读的 2700 多篇肠道及其相关领域的 SCI 论文中，影响因子超过 15 分的有 900 多篇，来自 Cell 、 Nature 、 Science 的文章 160 篇，来自 NEJM 、 Lancet 、 JAMA 的文章约 100 篇。
我们向所有取得突破的科学家表示祝贺，并坚信在 2020 年我们依然能够看到肠道科学领域的持续高产。
为了对 2019 年做一个阶段性的回顾，我们对日报中收录的 2019 年发表的肠道领域研究论文和综述论文，进行了多维度的加权评分，在充分考虑杂志影响力、日报阅读数、转发和讨论数等客观数据的基础上，形成了 2019 年《热心肠日报》的 5 个年度榜单：
2019 年度榜单参评的文章共有 2350 篇，来自 107 个国家（地区）的 2563 个研究团队（以通讯作者数量计）， 发表在 395 种不同的期刊上，累计影响因子达到了 34532.2。据不完全统计（仅包括访问热心肠网站），《热心肠日报》的读者累计访问了这些文章超过 255 万次。
本榜单仅代表热心肠生物技术研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。
本篇发布“全球肠道菌群研究十大人物”。
提示：下述文章点击中文标题可直达日报，点击英文标题可访问论文官网。
Jeffrey Gordon
Washington University School of Medicine, USA
【入选理由】73 岁的 Jeffrey Gordon 教授，现任圣路易斯华盛顿大学医学院基因组科学和系统生物学中心主任，是肠道微生物组研究领域的泰斗级人物。他和团队去年在肠道菌群及其饮食干预方面，取得了颇多重量级研究成果，刷新了我们对饮食调节作用以及菌群-饮食互作的认知。他和团队开创性的用“菌群导向性食物（microbiota-directed foods）”改善儿童营养不良的研究，为解决这一世界难题带来了新希望，被 Science 评选为 2019 年度的十大科学突破之一。
2019代表性论文
原文内容：
Effects of microbiota-directed foods in gnotobiotic animals and undernourished children
Science, 2019-07-12, Article
原文内容：
A sparse covarying unit that describes healthy and impaired human gut microbiota development
Science, 2019-07-12, Article
原文内容：
Cell, 2019-09-19, Article
原文内容：
Bioremediation of a Common Product of Food Processing by a Human Gut Bacterium
Cell Host and Microbe, 2019-10-01,Article
Ramnik Xavier
Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, USA
Broad Institute of MIT and Harvard, USA
Massachusetts Institute of Technology, USA
【入选理由】Ramnik Xavier 教授在美国哈佛大学医学院、麻省总医院和麻省理工学院等机构均担任重要研究职务。他和团队主要研究先天免疫和适应性免疫中重要的介质和效应因子的功能，近年来在炎症性肠病中的肠道菌群特征和宿主-菌群互作发病机制方面，取得了不少重要突破性研究进展。Xavier 教授持续高水平、高产出，连续两年上榜。
2019代表性论文
原文内容：
Science, 2019-01-11, Report
原文内容：
Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases
Nature, 2019-05-29, Article
原文内容：
Cell, 2019-08-22, Review
原文内容：
Nature Medicine, 2019-09-02, Article
Eric Alm
Massachusetts Institute of Technology, USA
Broad Institute of MIT and Harvard, USA
【入选理由】Eric Alm 教授，现任美国麻省理工学院微生物组信息和治疗中心主任。他和团队在生物信息学方法和计算建模方面有着强大的背景，致力于通过计算/理论和实验方法结合的方式，来理解和设计人类微生物组，旨在研发能用于临床和个体化医疗的菌群工程和干预方法。他与 Ramnik Xavier 教授在人类微生物组研究上有不少合作，今年在 Science , Nature Medicine , Cell Host and Microbe , Nature Microbiology 等高影响力期刊发表多篇研究论文。
2019代表性论文
原文内容：
Science, 2019-01-11, Report
原文内容：
Nature Medicine, 2019-09-02, Article
原文内容：
Adaptive Evolution within Gut Microbiomes of Healthy People
Cell Host and Microbe, 2019-04-23, Article
Eran Elinav
Weizmann Institute of Science, Israel
Division of Cancer–Microbiome Research, DKFZ, Germany
【入选理由】以色列魏茨曼科学研究所的 Eran Elinav 教授，肠道菌群研究领域的重量级科学家，连续两年入榜。他和团队的主要研究方向是宿主-肠道菌群-免疫之间的相互作用，及其对健康和疾病的影响。2019 年发表了多篇高水平的研究和综述论文，除了在 Nature 上发表研究揭示渐冻症与肠道菌群的关系，还首次报道了阴道菌群移植的临床应用，可谓轰动一时。
2019代表性论文
原文内容：
Potential roles of gut microbiome and metabolites in modulating ALS in mice
Nature, 2019-07-22, Article
原文内容：
Vaginal microbiome transplantation in women with intractable bacterial vaginosis
Nature Medicine, 2019-10-07, Communication
原文内容：
The intestinal microbiota fuelling metabolic inflammation
Nature Reviews Immunology, 2019-08-06, Review
原文内容：
Diet–microbiota interactions and personalized nutrition
Nature Reviews Microbiology, 2019-09-20, Review
Andrew Goodman
Yale University School of Medicine, USA
【入选理由】Andrew Goodman 教授现任耶鲁大学医学院微生物科学研究所主任，他和团队着重于探索微生物在肠道内的相互作用机制，以及肠道菌群如何影响宿主对外源性扰动的反应。去年他们在研究菌群药物代谢方面成果斐然，一篇 Science，一篇 Nature，不仅研发出可定量测定肠道菌群对药物代谢贡献的方法，还系统性分析了肠道菌对近 300 种口服药物的代谢作用，是去年该领域研究的佼佼者。
2019代表性论文
原文内容：
Separating host and microbiome contributions to drug pharmacokinetics and toxicity
Science, 2019-02-08, Article
原文内容：
Mapping human microbiome drug metabolism by gut bacteria and their genes
Nature, 2019-06-03, Article
Peter Turnbaugh
University of California, San Francisco, USA
Chan Zuckerberg Biohub, USA
【入选理由】Peter Turnbaugh 是加州大学旧金山分校微生物学和免疫学系副教授，是一位比较年轻的 PI。他和团队主要聚焦肠道菌群的药物学和营养学研究。2019 年，除了在饮食如何塑造菌群方面取得丰硕成果，他们还在 Science 发表重要论文，揭示了肠道菌群怎样影响帕金森病药物左旋多巴的疗效，并开发了针对性的潜在药物，为研究靶向肠道菌群来改善药物治疗，提供了一个范例。
2019代表性论文
原文内容：
Discovery and inhibition of an interspecies gut bacterial pathway for Levodopa metabolism
Science, 2019-06-14, Article
原文内容：
Meta-Analysis Reveals Reproducible Gut Microbiome Alterations in Response to a High-Fat Diet
Cell Host and Microbe, 2019-07-16, Short Article
原文内容：
Cooking shapes the structure and function of the gut microbiome
Nature Microbiology, 2019-09-30, Letter
Trevor Lawley
Wellcome Sanger Institute, UK
【入选理由】英国 Wellcome Sanger 研究所的 Trevor Lawley 博士，主要研究宿主-菌群互作在健康和疾病中的作用，包括生命早期的菌群定植、抗生素治疗的影响等热点问题。他和团队在 2019 年发表的几项重磅研究，致力于用更高的分辨率来分析肠道菌群的组成结构，扩充人们对肠道微生物的认知，充分体现了 Wellcome Sanger 研究所在高通量基因组测序方面的优势。他们对剖腹产婴儿肠道菌群的深入分析，被全球媒体广泛报道。
2019代表性论文
原文内容：
Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth
Nature, 2019-09-18, Letter
原文内容：
Adaptation of host transmission cycle during Clostridium difficile speciation
Nature Genetics, 2019-08-12, Letter
原文内容：
A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses
Nature Biotechnology, 2019-02-01, Resource
于君
中国香港中文大学
【入选理由】香港中文大学医学院消化道肿瘤实验中心主任于君教授，长期致力于消化系统肿瘤机制和防治研究。她和团队多年来的努力，为阐释肠道菌群在结直肠癌发病机制中的作用及其在临床上的应用转化，做出了卓越贡献，有很高的国际影响力。据统计，于君老师迄今已发表近 390 篇论文了，其中影响因子超过 10 分的论文有 80 多篇。2019 年，她和团队在结直肠癌的早期筛查和促癌机制方面，又取得了多项瞩目成果，是肿瘤肠道微生态领域中持续高水平、高产出的科学家典范！
2019代表性论文
原文内容：
Gut microbiota in colorectal cancer: mechanisms of action and clinical applications
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology, 2019-09-25, Review
原文内容：
Gut, 2019-11-27, Article
原文内容：
Peptostreptococcus anaerobius promotes colorectal carcinogenesis and modulates tumour immunity
Nature Microbiology, 2019-09-09, Article
Bernd Schnabl
University of California San Diego, USA
VA San Diego Healthcare System, USA
【入选理由】加州大学圣地亚哥分校的 Bernd Schnabl 教授，他与团队长期致力于探索肝脏疾病中的宿主和菌群因素，不断为肝病治疗提供新的靶点。2019 年，他们在 Nature 和 Journal of Hepatology 等高影响力期刊发表了多篇高水平研究论文，揭示了酒精性肝病中促疾病的肠道微生物及其毒力因子，积极探索靶向肠道菌群治疗肝脏疾病的途径，可谓是该领域这一年的先锋人物。
2019代表性论文
原文内容：
Bacteriophage targeting of gut bacterium attenuates alcoholic liver disease
Nature, 2019-11-13, Article
原文内容：
The Candida albicans exotoxin Candidalysin promotes alcohol-associated liver disease
Journal of Hepatology, 2019-10-10, Article
原文内容：
Microbiome as a therapeutic target in alcohol-related liver disease
Journal of Hepatology, 2019-02-01, Review
Kenya Honda
Keio University School of Medicine, Japan
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences (IMS), Japan
【入选理由】日本庆应大学医学院、日本理化研究所的 Kenya Honda 教授，是免疫学专家，他和团队致力于研究菌群及其衍生因子对宿主免疫系统的影响，以及开发治疗炎症性肠病、自身免疫并、过敏和癌症等疾病的菌群疗法。他们去年的 Nature 研究论文，通过细致的肠道菌群干预来增强免疫，为治疗癌症和感染，开拓了新方向；这项研究也入选了 Nature 官网的“人类微生物研究里程碑”，相关成果已启动临床研究。
2019代表性论文
原文内容：
A defined commensal consortium elicits CD8 T cells and anti-cancer immunity
Nature, 2019-01-23, Article
原文内容：
Mining the microbiota for microbial and metabolite-based immunotherapies
Nature Reviews Immunology, 2019-03-11, Review
（本榜单内容结束）
