逻辑回归

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菌群差异分析

一种基于逻辑回归的微生物组差异分析新方法

目前主流的微生物组差异分析方法大多是基于对数转换数据进行的，但矩阵中的零计数却不能参与对数转化，因此需要对这些条目添加很小的数以进行对数转换，导致现有方法难以控制错误发现率，此外，16S扩增子或宏基因组测序实验也会引入偏差。PNAS上近期发表了一项研究，开发了一个基于逻辑成分分析的R包LOCOM，用于微生物组的差异丰度分析，且不需要伪计数，相较现有方法显著提升了灵敏度，且对实验偏差具有鲁棒性。

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