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Michael Wagner
文章数:5篇
菌群分析方法
拉曼结合原位杂交实现单细胞水平菌群代谢分析
这是发表在PNAS上的一份工作,作者结合受激拉曼散射的优势进行单细胞稳定同位素探测以及双光子FISH,以高通量方式识别细胞,同时实现对胞内直径约为1µm的低浓度代谢物检测。该技术相较传统自发拉曼技术,具备通量高、成像速度快的优势。在原位跟踪人体肠道微生物的黏膜糖觅食相关行为时,作者发现黏膜糖代谢通常由拟杆菌门主导,但在岩藻糖代谢方面梭菌表现优于拟杆菌门。
菌群分析方法
菌群代谢功能
肠道菌群
拉曼光谱
单细胞水平
拉曼光谱
Nature子刊:助力研究“谁干了啥”的微生物细胞分选平台
本研究开发了一个基于拉曼光谱对来自微生物群落中的感兴趣的单个细胞进行自动分选的平台。这种细胞的分类及其下游DNA分析(例如通过微型宏基因组学或单细胞基因组学或培养)允许在复杂微生物群落中的微生物细胞的代谢作用和基因组之间建立直接联系,并有针对性地分离具有特定生理功能的新型微生物。作者预计,该方法将为特定环境和宿主相关微生物组研究提供多一种通用工具,以阐明微生物类群在其复杂群落中的代谢贡献。
拉曼光谱
自动分选
微流控技术
单细胞基因组学
微型宏基因组学
细胞分选
Nature子刊:拉曼+稳定同位素实现活细胞按功能分选
稳定同位素被广泛的应用于环境中的功能微生物研究,但是对这些功能微生物缺乏有效的分选方法。《Nature Microbiology》近期发表的研究整合了微流控、光镊和拉曼等技术,通过加入稳定同位素对特定群落中某些有活性的微生物进行标记,实现了功能微生物的高通量、高准确度分选,在单细胞基因组学、微观宏基因组学和细胞培养等领域具有广泛应用前景。
细胞分选
微流控技术
光镊
拉曼光谱
单细胞技术
营养与健康
Nature子刊:氮源或为哺乳动物大肠菌群的主要限制因素
养分是调控微生物群落的基本因素之一,而大肠作为消化道的最末端的一个消化器官,是肠道菌群的主要集聚地之一。宿主饮食对大肠菌群的主要影响因素在于什么地方呢?答案是氮源,即食物中蛋白质的含量。
营养与健康
蛋白质限制
Mingyao Liu
Bing Du
Chengfei Zhang
微生物生态学
ISME:原位捕捉生态环境中的活性微生物(综述)
① 核酸测序可补足微生物生态学研究的数据容量,以捕获微生物多样性和大环境的动态变化;② 区别活性、无活性和死亡的微生物细胞非常重要,实验设计应能敏感地捕捉群落的复杂性和活性的变化,以及加工速度的时空规模;③ 原位微生物活性的新发现,依赖于特异性地捕获环境中的活性微生物的技术;④ 本综述介绍了目前使用的活性为基础的方法,包括可与核酸测序联用的单细胞技术,评估其在生态学研究中的优势,讨论将来的方向。
微生物生态学
核酸测序
单细胞技术