Pavel A Pevzner

搜索
登录

Pavel A Pevzner

文章数：7篇

宏基因组组装基因组 (MAGs)

Naure子刊：从复杂的菌群中生成谱系分辨率的、完整的宏基因组组装基因组

本研究作者提出了一项原理验证研究，将 HiFi 测序应用于复杂菌群，使用来自寄生虫感染的羔羊的粪便样本的极深测序，并结合来自同一样本的 Hi-C 数据。作者记录并量化了具有 HiFi 读长的 MAGs 组装的改进，并提出了一种称为 MAGPhase 的计算方法来对这些 MAGs中的替代单核苷酸多态性 (SNP) 单倍型进行定相，以提供更精细的样本后代谱系变异分辨率。作者进一步表明，HiFi 组件极大地提高了将移动遗传元件分配给宿主基因组的精度，以及从宏基因组数据推断完整的生物合成基因簇。

宏基因组组装基因组 (MAGs) Hi-C 分箱变异单倍型移动遗传元件长读长

crAss样噬菌体

Nature子刊：肠道crAss样噬菌体具有独特的基因组特征

crAss样噬菌体是人肠道中丰度最高的病毒，能感染拟杆菌门细菌。Nature Communications发表的文章，从人类肠道宏基因组中鉴定了近600种crAss样噬菌体的基因组，一些crass样噬菌体具有独特的基因组特征，如DNA聚合酶在A和B家族之间频繁的交换，晚期噬菌体基因中替代遗传密码的广泛利用，以及高密度的自剪接内含子和内含肽。对crass样噬菌体的系统基因组研究不仅增加了我们对人类肠道病毒的认识，而且揭示了噬菌体生物学有趣且鲜为人知的一面。

crAss样噬菌体 crAss样噬菌体基因组人体肠道噬菌体

Nature子刊：三代长读长宏基因组序列组装新方法metaFlye

长读长测序技术已大大改善了许多筛选的细菌基因组的组装。但最先进的长读长组装软件，仍然很难装配出复杂的宏基因组数据集。在这里，作者介绍了metaFlye，它解决了重要的长读长宏基因组组装难题，例如细菌组成不均和种内异质性，并表明它可以产生准确且连续的装配。作者使用各种模拟的和真实的细菌群落对其进行基准测试，证明了它比最新的长读长装软件Canu，FALCON，miniasm，OPERA-MS和wtdbg结果都更好。

metaFlye 长读长宏基因组组装细菌基因组 k - mers

Cell子刊：挖掘菌群天然产物的新工具

核糖体合成和翻译后修饰肽（RiPP）是一类天然产物，微生物是其重要来源，在医药和食品工业上有广泛应用前景；但目前对这类物质的发掘存在局限性。Cell Systems报道的一种软件工具——MetaMiner，可通过分析同一微生物群落的宏基因组和质谱数据，来挖掘其中的已知和未知RiPP。

天然产物 ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides computational mass spectrometry metagenomics natural products discovery

metaplasmidSPAdes：宏基因组数据组装质粒神器

SPAdes系列组装软件一直是现象级的存在，保持着最高的组装长度。虽然2012年仅发表于影响因子仅有1分的Journal of Computational Biology杂志，但是金子终会发光，截止19年5月Google学术统计引用5600多次。团队之后开发了SPAdes系列软件，针对具体的应用场景，如针对二倍体高多态性基因组组装的dipSPAdes(15年Journal of Computational Biology)，标签序列组装长序列的TruSPAdes(16年Nature Methods)，基因组中质粒组装的plasmidSPAdes(16年Bioinformatics)，宏基因组组装的metaSPAdes(17年Genome Research)，以及本篇针对宏基因组质粒组装的metaplasmidSPAdes。本文为深入研究宏基因组数据和大规模挖掘质粒开创了新方法，将迎来宏基因组领域质粒组装和挖掘的热潮，估计如果真的效果不错会成为宏基因组分析的标配。

宏基因组 Chun-Yuan Chang Jianming Wang Yuhan Zhao Zhaohui Feng

宏基因组分析方法

Cell子刊：精确评估宏基因组多样性的新工具

Cell Systems近期发表一项研究，报导了可精确评估宏基因组生物多样性的新方法，检测低丰度的稀有物种时表现优秀，可用于肠道菌群、环境菌群等多种宏基因组样本分析。

宏基因组分析方法微生物多样性稀有物种宏基因组学 Massimo Rugge

metaSPAdes：株水平高精度宏基因组拼接软件

metaSPAdes是目前宏基因组领域组装指标最好、最耗时和耗内存的软件，也存在提高错误率。其支持混装是一大优点，还有很多子版本，如metaplasmidSPAdes装质粒（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1041966050）。此软件也是组装评比中必用软件，如《宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045860958）。最新组装工具OPERA-MS也会与其对标比较（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Chloé Berland