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environmental factors
文章数:3篇
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R包microeco:微生物组扩增子数据统计和可视化
基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析,后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看,依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发,整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法,归类成每个模块,以方便学习和使用,并研发了多种分析方法,同时提供了详细的教程,软件包已上传至CRAN,建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接:https://github.com/ChiLiubio/microeco
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差异丰度检验
多样性
环境因子
功能分析
生物地理学
城环所杨军组揭示随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建
该研究系统深入地解析了不同水文条件下亚热带河流微型真核浮游生物的时空变化、地理分布格局及群落构建机制。其揭示了不同水文条件下随机过程在河流微型真核浮游生物群落构建中的重要作用,为深入理解随机过程和确定性过程对水生生物群落构建的相对重要性提供了新思路;提高了我们对浮游生物稀有种群落构建和生态学机制的认知水平,为解析水生态系统结构和功能稳定性等问题提供了新视角。
生物地理学
浮游生物
微型真核浮游生物群落
亚热带河流
环境因子
gut microbiome
Gut:充分评估肠道菌群,增加研究可重复性
关于充分考虑和评估肠道菌群造成的试验重复性问题,我们分享过多次,其中包括Nature发的文章。肠道菌群对试验动物的生理影响很大,为此可能对临床前的生物医学研究造成重大影响。Gut这篇文章再次提及相关问题,值得大家关注。
gut microbiome
research reproducibility
environmental factors
breeding facility
caecal contents