菌株分离

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Strainberry：使用长读长在低复杂度宏基因组中自动分离菌株

该研究，作者提出了一种使用易错配的长读长技术在低复杂度宏基因组中执行菌株分离的方法。其利用最先进的工具进行变体识别、单倍型定相和基因组组装，作者提出了一个名为 Strainberry 的自动化流程。它以比其他最先进的长读长组装工具更高的质量实现了菌株的单样本组装。Strainberry 结合了忽视菌株的组装程序，精心使用了长读长变体识别和单体型工具，然后是一个执行长读长宏基因组scaffolding的组件。作者在合成群落和真实样本上测试，结果表明其对现有长读长宏基因组样本的重新分析揭示了未表征的菌株。作者预计这项工作将成为在更复杂的环境中进一步改进菌株水平的宏基因组组装方法的起点。

长读长宏基因组组装菌株分离细菌群落 N50