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Simon Roux
文章数:2篇
病毒组
IMG/VR v4:用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新
自2020年11月发布IMG/VR v3后(由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成),最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新,IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合,共包含有1500万个病毒基因组,相比上一个版本,增加了约6倍。同时,IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法,以及相关界面的优化。总之,该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合,有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性,值得关注。
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生物信息学分析
RNA病毒
VirSorter2:病毒组鉴定软件升级版发布
本文介绍了VirSorter2,这是一种DNA和RNA病毒识别工具,可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计,VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性,并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化,多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色,并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。
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