菌株多样性

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菌株多样性

菌株水平多样性的改变会影响蜜蜂肠道群落的功能潜力？

菌株水平的多样性在细菌物种中广泛存在，可以扩大天然微生物群落的功能潜力。然而，群落在多大程度上因环境/宿主变化而经历菌株组成的持续变化尚不清楚。近日，瑞士洛桑大学研究人员在Genome Biology发表最新研究，使用宏基因组学探究蜜蜂两种行为状态（护士蜂和采集蜂）肠菌差异，发现宿主相关群落中的菌株水平多样性可以随着宿主行为变化而发生一致的变化，从而调节群落的功能潜力，值得关注。

菌株多样性肠菌功能潜力研究论文基础研究宏基因组学

肠道真菌组

Nature：真菌对肠道炎症的菌株特异性影响

真菌是肠道菌群中不可忽视的成员。在包括炎症性肠病（IBD）在内的多种疾病中，都发现了肠道真菌组成的变化。然而，真菌对宿主健康的影响及其作用机制，人们仍所知甚少。Nature最新发表的这项研究，通过真菌组测序、真菌的培养组学和基因组学、基于CRISPR-Cas9的真菌菌株编辑、体外免疫反应检测和小鼠模型等方法，揭示了溃疡性结肠炎（UC）患者肠道中的优势真菌——白色念珠菌的菌株多样性，及其对宿主肠道免疫调控的机制和菌株特异性，为研究IBD的疾病机理和治疗方法提供了新视角。

肠道真菌组菌群-免疫互作白色念珠菌菌株多样性菌株特异性

细菌基因组

Nature子刊：分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异，可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里，作者介绍了inStrain这个程序，该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性（微生物多样性），并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群，从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集，以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。

细菌基因组泛基因组生物信息软件菌株多样性

Cell子刊：肠道粪杆菌属细菌的多样性

粪杆菌（Faecalibacterium）属细菌广泛存在于人体肠道中，在开发下一代益生菌（next-generation probiotics，NGPs）或生物治疗药物方面具有广阔前景。但对于其多样性的认识十分有限。发表在Current Biology上的一项研究通过宏基因组组装，系统分析了粪杆菌属细菌在人类肠道中的多样性以及与年龄、地理、疾病等的相关性，极大丰富了对该类细菌的认识。

粪杆菌属 Faecalibacterium prausnitzii gut microbiome strain diversity Pangenome

表皮葡萄球菌

Cell：什么塑造了人表皮葡萄球菌的功能多样性？

表皮葡萄球菌存在于几乎所有健康人的体表，是一种关键的皮肤微生物以及条件致病菌。Cell发表的一项研究对表皮葡萄球菌在个体内的演化轨迹和功能分布，进行了系统性研究，揭示了这种细菌在个体内的演化是如何塑造其功能多样化的。

表皮葡萄球菌 Staphylococcus epidermidis metagenomics strain diversity microevolution