菌群数据分析

搜索
登录

菌群数据分析

文章数：2篇

菌群数据分析

iMeta：青大苏晓泉组发布跨平台可交互的菌群分析平台PMS

Parallel-Meta Suite(PMS)，一个用于快速和全面的菌群分析的软件套件，采用了最先进的算法，涵盖序列菌群数据物种与功能解析、统计分析、可视化等一系列流程，并具有友好的图形界面，可以满足各种用户的分析需求。PMS软件的最新版本已经在GitHub（https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite）和Gitee（https://gitee.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite）上发布，软件包中提供了测试用的演示数据集。

菌群数据分析数据可视化统计分析并行计算多操作系统兼容

非生物零点

mbImpute：一种准确且稳健的菌群数据插补方法

菌群数据分析存在许多非生物零点，为了解决这个问题，作者提出了微生物组数据的第一种插补方法—mbImpute—通过从相似样本、相似分类群和可选元数据中联合借用信息来识别和恢复可能的非生物零点。作者证明 mbImpute 提高了从 2 型糖尿病和结直肠癌的菌群数据中识别疾病相关类群的能力，并且 mbImpute 保留了类群丰度的非零分布。菌群研究人员可以使用 mbImpute 避免在单个分析任务中处理稀疏数据的麻烦，并享受建立数据分析iytk流程的灵活性。mbImputeR 包可在 https://github.com/ruochenj/mbImpute 获得。重现结果的源代码和数据可在 https://doi.org/10.5281/zenodo.4840266 获得。

非生物零点非零分布菌群数据分析 mbImpute 16S rRNA 数据集