① 基于xMarkerFinder分析了750个跨队列样本的全宏基因组测序数据，以识别与腺瘤相关的微生物多模态特征；② 真菌在区分腺瘤和对照方面的性能优于其他界物种（AUC=0.71），相比物种丰度和物种基因，微生物SNV的诊断精度更佳（AUC=0.89）；③ 超一半的SNV生物标志物是同义突变，尽管其不改变编码的氨基酸；④ 结直肠腺瘤患者肠道中呈现更复杂的微生物物种互作，且差异物种与功能（如嘌呤代谢、群体感应等通路）密切相关，并在新招募队列中验证。

① 收集30名克罗恩病（CD）患者的540份手术切除样本，进行非靶向蛋白质组学和16S rRNA测序分析；② 发现CD期间跨多组织的失调蛋白功能簇、异常抗菌免疫和代谢过程，并可确定细菌传播以及改变的菌群和生态模式；③ 鉴定出宿主蛋白与微生物间的多个候选相互作用对，且与CD中肠炎的持续存在及细菌在多组织间的迁移有关；④ 血清和粪便样本进一步确定宿主蛋白（如SAA2和GOLM1）和微生物（如 Alistipes 和链球菌）可作为潜在的诊断生物标志物。

① 产丁酸菌的生态失调是NAFLD发展的关键因素；② 将生态学理论与动态干预模拟相结合的因果算法可以从宏基因组数据中挖掘微生物基关键菌种；③ 本研究在NAFLD肠道中鉴定出以Porphyromonas loveana等为代表的8个关键菌种，可有效地使NAFLD的菌群组成向正常肠道菌群恢复；④ 这些关键菌种通过调节肠道氨基酸代谢和酸碱环境，促进了NAFLD患者中显著减少的产丁酸菌的生长；⑤ 该研究提示了一种新的NAFLD微生物治疗策略。

① 分析8个国家/地区CRC队列中1368个样本的宏基因组数据；② 鉴定出20个古菌、27个细菌、20个真菌和21个病毒物种可分别用于CRC的单界诊断模型；③ 但基于16个多界标志物（11个细菌、4个真菌和1个古菌）的诊断模型准确性最佳（AUROC=0.83），并在3个独立队列中验证；④ 生态网络共丰度分析揭示了CRC中的细菌和真菌物种间的关联；⑤ 宏基因组功能分析表明，CRC中D-氨基酸代谢和丁酸酯代谢增加，基于功能基因的诊断模型准确性高（AUROC=0.86）。

① 纳入48名克罗恩病（CD）患者和16名非CD患者（对照），对肠系膜脂肪组织（mAT）进行多组学分析；② CD患者的mAT菌群与对照不同，且与mAT的宿主转录组和代谢组的变化相关，mAT中存在变形菌门细菌与CD进展相关；③ 在结肠炎模型小鼠中，共定植从CD mAT中分离出的5个菌株能加剧疾病，其中，A. pulmonis（Ap）可显著促炎，在加剧结肠炎中起主要作用；④ Ap可损伤小鼠肠道黏液层、移位至mAT，在CD患者的mAT和黏膜层中Ap水平也显著升高。

① 收集4项研究中的结直肠腺瘤患者（n=306），结直肠癌患者（n=217），健康对照（n=252）的菌群数据作为发现队列，另外281例数据作为验证队列；② 基于11个扩增子序列变异（ASV）作为生物标志物，在发现及验证队列中区分结直肠腺瘤及健康对照的AUC分别为0.80及0.78；③ 基于26个ASV作为生物标志物，在发现及验证队列中区分结直肠腺瘤及结直肠癌的AUC分别为0.89及0.84；④ 结直肠腺瘤的ADP-庚糖生物合成增加，结直肠癌的甲萘醌-10生物合成增加。

① 纳入2020年1月16日至3月7日中国湖北、广东12间医院收治的COVID-19患者117名；② 出院后90天随访发现44%患者出现食欲减退、恶心、胃酸反流、腹泻等胃肠道后遗症；③ 与无胃肠道后遗症患者相比，有后遗症患者入院时血白细胞、中性粒细胞计数、C反应蛋白浓度偏高，呼吸困难和使用质子泵抑制剂比例偏高，而重症比例偏低；④ 患病时血氧饱和度降低与胃肠道后遗症相关，可能低氧介导了多器官功能衰竭，而营养支持似乎可降低该后遗症发生率。