全基因组分析

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全基因组分析

文章数：4篇

髓母细胞瘤

Nature：髓母细胞瘤的基因密码图

① 髓母细胞瘤（MB）是儿童高度恶性脑肿瘤，根据MB的分子亚型共识，分为WNT、SHH、3组和4组，转录和表观遗传学特征不同；② 对491例MB样本进行体细胞分析，表观遗传学分析1256例的分子异质性；③ 新的分子亚型富含不同的特异性驱动性事件，包括靶向KBTBD4的热点框内插入，以及激活PRDM6的“增强子操纵”事件；④ KBTBD4编码BTB–BACK–Kelch结构域蛋白，PRDM6编码含SET结构域蛋白；⑤ 大量临床样本中癌基因和亚型多样性，代表MB的潜在治疗靶点。

髓母细胞瘤整合基因组学全基因组分析 PRDM6基因 KBTBD4基因

全基因组分析

新发现一个淋巴瘤抑癌基因：Bcor

① 对Eμ-Myc基因工程小鼠进行全基因组和全外显子组测序；② 常发生PRC1样组分和BCL6共抑制基因Bcor的破坏性突变，AKT-MTOR-eIF4E下调协同MYC参与Eμ-Myc淋巴瘤形成，依维莫司抑制mTORC1延缓癌前病变发展为淋巴瘤；③ 同时发生多基因病灶，涉及Cdkn2a缺失和Nras、Kras和 Bcor等；④ 多个驱动性癌基因协同突变，多个遗传学事件协同，挑战了Eμ-Myc的“二次打击”模型；⑤ Bcor在体内具有抑癌基因作用，Bcor缺失使TGFb信号成为淋巴瘤的驱动基因。

全基因组分析全外显子组 PRC1样组分 BCL6共抑制基因Bcor AKT-MTOR-eIF4E通路

全基因组分析

血浆DNA甲基化图谱：破解肿瘤组织起源和肿瘤异质性

① 本研究系统性分析全基因组中高度协调的甲基化区域，分析61套全基因组亚硫酸氢盐测序数据；② 验证了101套代表抑制的亚硫酸氢盐测序数据和637套甲基化阵列数据，鉴定出147,888个区块与CpG位点紧密偶联，称为甲基化单体；③ 采用甲基化单倍型负荷作为度量单位，在区块水平分析组织特异性甲基化；分析信息块亚单位，以复原异质性样本；④ 采用甲基化基因，演示了定量评估59例肺癌和结直肠癌患者循环血游离DNA中的肿瘤负荷和组织起源对应关系。

全基因组分析甲基转移酶去甲基化酶亚硫酸氢盐测序甲基化单体

染色体转位

白血病转录调控核心元素：ENL蛋白

① 复发性染色体转位，产生嵌合型MLL癌基因，引起高度侵袭性急性白血病，临床预后差，染色质相关因子如MLL融合伴侣的参与，掩盖转录调控依赖；② 采用无偏CRISPR-Cas9技术，在MLL-AF4阳性急性白血病细胞株中进行全基因组功能缺失筛选，鉴定出ENL新基因，增殖所必需；③ ENL急性缺失抑制全基因组范围内效应基因的RNA聚合酶II的启动和延伸，对ENL负荷失衡的基因产生持续影响；④ YEATS染色质阅读结构域不完整，是ENL依赖性白血病生长的必需条件。

染色体转位 MLL癌基因急性白血病 CRISPR-Cas9技术全基因组分析