Jiabao Cao

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文章数：5篇

肠道病毒群

张烜+王军等：系统性红斑狼疮中的肠道病毒组紊乱

系统性红斑狼疮（SLE）是一种多发于青年女性的累及多脏器的自身免疫性炎症性结缔组织病，早期、轻型和不典型的病例日渐增多。越来越多的证据表明，肠道菌群紊乱在SLE的发病机制中起重要作用，但肠道病毒组仍不清楚。近日，中国医学科学院张烜、微生物所王军及团队在Science Bulletin发表最新研究，发现SLE患者肠道病毒多样性和分类显著改变，SLE中受到干扰的肠道病毒组可以驱动IFN-I反应，从而为SLE发病机制提供新见解，值得关注。

肠道病毒群系统性红斑狼疮研究论文基础研究噬菌体

王军+宋默识Nature子刊：二代+三代测序，深挖人类肠道菌群

中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作，在Nature Communications发表文章，报道了一种新方法，结合短读长的二代测序（Illumina）和长读长的三代测序（纳米孔）数据进行宏基因组分析，深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件，在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。

宏基因组三代测序牛津纳米孔测序菌株水平肠道菌群

三代测序技术的宏转录组

王军+周宏伟+解立新：建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

以牛津纳米孔测序技术（ONT）为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势，能有效提高临床样本中病原的检测，而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此，中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队，收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本，建立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS（使用二代测序技术的宏转录组）），以减少临床样本中的宿主核苷酸比例，并通过与ONT相结合（mtTGS（使用三代测序技术的宏转录组））以缩短测序时间。

三代测序技术的宏转录组牛津纳米孔技术病原检测宏基因组测序

杨鹏辉&王军团队：新冠肺炎患者的特征肠道病毒和细菌组

肠道是新冠病毒感染的器官之一，研究肠道微生态在新冠肺炎发生发展中的作用或有助于新冠肺炎的诊疗。中国解放军总医院杨鹏辉团队和中科院王军团队近期在Gut Microbes发表研究，对比了13名新冠肺炎患者与5名健康人的肠道细菌组与病毒组变化规律，发现两者的组成和变化在新冠患者中具有特殊性，受药物的影响也各有不同，而且在不同疾病严重程度的患者中具有差异。上述结果在小鼠实验中得到证实。本研究的成果，对于研究新冠肺炎的病程特征、感染过程中共生微生态-宿主互作都具有参考价值。

新冠肺炎研究论文病毒组肠道细菌组人

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学