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KBase平台
Nature子刊:使用KBase可从微生物组中提取和分析MAGs
随着测序技术和生物信息学的快速发展,研究人员利用分箱技术从各种复杂样本中恢复了大量的微生物基因组。但受限制于大部分分箱工具依赖于生信基础和计算资源,因此,开发出共享、便捷的在线平台迫在眉睫。近日,美国劳伦斯伯克利国家实验室研究人员在Nature Protocols发表最新研究,在美国能源系统生物学知识库(KBase)上更新了可共享的数据质控和分箱工具,针对短reads序列能快速质控和组装出MAGs,还可提供MAGs分类、系统发育、功能分类等信息,值得关注和尝试。
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