肖亮
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人、深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
博士,助理研究员,深圳华大生命科学院精准健康研究院宏基因组研究中心主任。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数600余次。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市百万级技术开发项目一项。
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
03-31
马现仓+贾慧珏等:肠道菌群异常可影响色氨酸代谢,促进小鼠精神分裂症状
① 给抗生素处理的小鼠移植健康人(HC)或精神分裂症(SCZ)患者的粪菌;② SCZ小鼠有精神运动亢进和认知损伤等SCZ样症状;③ SCZ小鼠的色氨酸(Trp)水平降低,大脑和血液中Trp分解代谢的犬尿氨酸(Kyn)-犬尿喹啉酸(Kyna)通路活性上升,脑内特定区域的神经递质多巴胺和5-羟色胺增多;④ SCZ小鼠的结肠腔滤液可促进Trp-Kyn-Kyna代谢途径关键酶IDO1和KAT II的活性;⑤ HC和SCZ小鼠的肠道菌群组成和功能有差异,可能影响Trp代谢和神经递质水平。
2019-08-07
华大基因团队:1520个人肠道单细菌参考基因组,助力菌群研究
① 用培养组学分离>6000个人粪便菌株,得到1520个高质量单菌基因组草图(338个种),构成可培养基因组参考(CGR)数据集;② 包括人肠道的主要细菌门和属,含至少264个新参考基因组,有不少低丰度菌,丰富了现有参考基因组,提高了宏基因组学分析的分辨率(读段比对率和SNP分析等);③ 对CGR的功能注释加深了对肠道菌功能的认知;④ 对38种重要菌的泛基因组分析,揭示不同菌门的泛基因组开合趋势和在各自核心和非核心基因组上功能富集的差异。
2019-02-04
华大基因:建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录
① 对20只食蟹猴(两种饮食)的粪便进行宏基因组测序,建立食蟹猴的肠道微生物基因目录;② 鉴定出190万非冗余肠道细菌基因,厚壁菌门和拟杆菌门为主,主要菌属为普氏菌、瘤胃球菌、梭菌、真杆菌和拟杆菌;③ 同猪和小鼠相比,食蟹猴的肠道微菌群与人最接近(共享约40%的肠道细菌基因),鉴定出32个菌属为4者中均存在的核心菌属,而4者的菌群功能高度相似;④ 饮食影响食蟹猴的肠道菌群和噬菌体,高脂/低纤维饮食的食蟹猴菌群与人的更相似。
2018-08-18
华大基因:用于室温储存粪便样品的低成本试剂
① 系统性测试N-溴代正辛烷基吡啶(NOPB)用于粪便样品的储存及运输;② 并与现有的常用粪便储存方法相比,包括:干冰、Genotek公司的OMNIgene•GUT OM-200试剂盒;③ 基于NOPB的储存方法可在室温储存并运输粪便样品,并在至少14天内可维持样品中的细菌组成;④ NOPB及OM-200试剂盒储存后,粪便样品中的基因GC含量有略微升高的趋势,而干冰储存不会对GC含量造成显著影响;⑤ NOPB是一种低成本的化学稳定剂,可用于粪便样品的远距离运输。
2018-02-27
类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复
① 纳入类风湿关节炎患者(RA)及健康人的粪便、牙齿及唾液样品,分析三个部位样品菌群组间差异;② RA患者口腔及肠道菌群失调,且具有一致性,治疗后菌群可部分恢复;③ RA患者样本中,嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关,唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关;④ 在功能上,RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变;⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态,提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。
2015-07-27
Cell子刊:出生第一年,人的肠道菌群会怎么变?(综述)
华大基因参与的重磅研究:① 测定了98个妈妈和她们孩子出生后第一年的肠道微生物;② 断奶促使婴儿肠道微生物成熟;③ 特征种的转变证明婴儿肠道微生物的转化是非随机的;④ 营养的转变和异生物质代谢表明肠道微生物成熟;⑤ 剖腹产婴儿的肠道微生物与妈妈最不相似。
2015-05-13
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人
深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
博士,助理研究员,深圳华大生命科学院精准健康研究院宏基因组研究中心主任。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数600余次。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市百万级技术开发项目一项。
2010年8月至今,深圳华大生命科学研究院,助理研究员。
2006年9月-2010年6月, 南开大学 微生物学专业,理学博士。
2003年9月-2006年6月, 南开大学 微生物学专业,理学硕士。
1999年9月-2003年6月 ,北京工商大学 生物工程专业,工学学士。
2016-2020:国家自然科学基金面上项目,《利用多组学手段研究肠道微生态与食物过敏之间的关联》,直接经费58万元,81670606,在研,项目主持人
2018-2023:国家重点研发计划,《肠道与下丘脑在糖尿病发生发展中的作用及干预新方 案研究》,1104万元,2018YFC1313800,在研,课题骨干
2017-2022:国家重点研发计划,《特殊保障食品制造关键技术研究及新产品创制/水下长航特殊食品制造关键技术研究与新产品创制》,2188万元,2017YFD0400500/04,在研,课题骨干
2018-2021:广州市科技计划项目,《基于多组学特征谱急性胃肠损伤标志物的开发与应用》,100万元,201803010058,在研,课题骨干
2018-2021:深圳市科创委学科布局,《海洋多糖配合益生菌制剂调节肠道菌群防治帕金森病的临床研究》,200万元,JCYJ20170818111103886,在研,课题骨干
2014-2018:深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室,DRC-SZ [2015]162,500万元,在研。
2015-2017:深圳市科创委技术开发项目,《新型个性化干预人肠道菌群益生元的研发》,100万元,CXZZ20150330171521403,结项,项目主持人
2014-2016:深圳市科创委基础研究项目,《食物、药材调节肠道微生物菌群稳态及粘膜免疫的研究》,30万元,JCYJ20140418095735538, 结项,华大方负责人
2011-2014:深圳市人体共生微生物重点实验室,CXB201108250098A,500万元,结项,实验室骨干成员
现主要从事人体健康相关宏基因组学方面的科学研究与干预产品研发工作。