赵方庆
中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、研究员、中国科学院北京生命科学研究院教授
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
赵方庆+赵翔:开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术
Journal of Genetics and Genomics在线发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队和西安交通大学赵翔助理研究员团队合作研究,该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性,大幅简化宏转录组建库流程,缩短建库时间,是一种快速、价廉,对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法,适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究,并可用于帮助发现和鉴定未知病原。
2021-08-31
王金锋+赵方庆:婴儿肠道菌群的肠型和演变模式
Genome Biology最新发表了中科院北京生命科学研究院王金锋、赵方庆与团队的研究成果,通过对全球近2000名婴儿的近1.4万个肠道菌群数据进行大规模的深入分析,揭示了婴儿的肠型划分及其转变的规律,对于研究生命早期的肠道菌群发育模式有重要参考价值。
2021-08-27
赵方庆团队:菌群-肠-脑轴与自闭症的研究进展(综述)
JGG发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队的综述论文,该综述从神经、免疫及代谢等方面介绍了肠道菌群在自闭症谱系障碍中调节神经发育的最新进展。描述了肠道菌群与大脑交流的复杂而关键的途径,即菌群-肠-脑轴,并总结了在 ASD 中介导肠道菌群与大脑相互交流的具体途径。
2021-07-28
赵方庆+王金锋:阴道菌群移位可影响子宫健康
Nature Communications发表了中科院北京生命科学研究院赵方庆、王金锋与研究团队的研究文章,首次揭示了阴道和子宫菌群的共变特性,表明阴道菌群移位可对子宫菌群和子宫健康造成影响,提示靶向阴道菌群或能用于改善子宫健康。
2021-07-12
王金锋+赵方庆:婴儿肠道菌群的肠型和演变模式
① 分析17国1956名婴儿前3岁的13776个粪便菌群,发现可分为4个肠型,分别以厚壁菌门、双歧杆菌属、拟杆菌属和普氏菌属为主导;② 厚壁菌和双歧杆菌肠型对应早期发育阶段,群落结构较不稳定、菌群成熟度较低,而拟杆菌和普氏菌肠型对应后期阶段,菌群多样性较高、群落内联系更强;③ 生态模型和功能分析表明,从婴儿向成年的菌群转变模式是确定的、可预测的,厚壁菌和双歧杆菌肠型随成长而被拟杆菌和普氏菌肠型所替代,伴随代谢通路的变化。
2021-08-24
赵方庆+赵翔:开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术
① 该研究对24份SARS-CoV-2 呼吸道样本同时使用四种不同宏转录组方法建库,比较TRIM与其它三种经典方法 (TruSeq, Trio, SISPA) 在测序性能上的差异;② 通过对比宿主、真菌、细菌以及病毒各自转录组在文库中的占比,发现TRIM对SARS-CoV-2的检测灵敏度更高,能获得最多的SARS-CoV-2 序列,并且可以检测出共感染的EB病毒以及乙型流感病毒;③ TRIM建库耗时最短,成本最低,TRIM还显示出相较三种经典方法更高的细菌物种丰富度。
2021-08-23
赵方庆团队:菌群-肠-脑轴与自闭症的研究进展(综述)
① 围绕肠道菌群能够调节神经活动,作者从两个方面阐述了肠道菌群在ASD中调节神经发育的最新研究进展;② 肠道菌群和大脑交流的通路——肠道菌群通过三条平行且相互作用的通路和大脑沟通,包括神经通路,免疫通路和代谢物通路;③ ASD中介导肠道菌群与大脑交流的关键通路——大量研究表明ASD中存在肠道菌群失调以及菌群代谢物和脑功能异常;④ 肠道菌群可通过上述三条通路中的某些特定途径与大脑沟通并调节ASD中异常的神经发育。
2021-07-19
赵方庆+王金锋:阴道菌群移位可影响子宫健康
① 分析145名女性的阴道和子宫菌群,结合挖掘已报道数据和动物实验,来研究女性生殖道中的微生物移位现象及其对子宫健康的影响;② 子宫和阴道菌群有显著差异,但二者存在同步变化且随年龄增长逐渐趋同,流产史和分娩方式影响二者的群落结构和相似性,慢性子宫内膜炎中存在子宫和阴道菌群失调;③ 大鼠中,向阴道移植菌群可影响子宫菌群的组成,特定的阴道细菌可诱导或减轻子宫内膜炎;④ 阴道菌群的上行移位可影响子宫菌群和子宫内膜健康。
2021-07-07
张和平团队:胎粪菌群或主要源于羊水菌群
① 分析39对母婴的首次胎粪和母体样本(羊水、粪便、阴道液体和唾液) 微生物群;② α和β多样性分析揭示样本类型特异的微生物群特征;③ 母体羊水和阴道、胎粪、母体粪便和唾液样本中主要菌属分别为乳酸杆菌和弯曲杆菌、芽孢杆菌和大肠杆菌/志贺氏菌、拟杆菌和粪杆菌以及链球菌和沙门氏菌;④ 所有样本类型鉴定出特定的OTU;⑤ 胎粪微生物群来自多个母体部位,与多种母体样本微生物群存在共同OTU, 羊水菌群对胎粪微生物群的影响最大。
2020-08-02
赵方庆团队:洗牙后口腔菌群的变化和重建
① 对9名个体洗牙前和之后3个月11个时间点采样,分析唾液和牙菌斑菌群的纵向变化;② 牙菌斑菌群在整个过程中波动明显,洗牙后7小时到3天,其组成与洗牙前差异最大;③ 唾液菌群相对稳定,是牙菌斑菌群的主要补充来源;④ 牙菌斑生物膜的菌群组成变化可分3个时期:洗牙后菌群解构,1天后严重偏离原始状态,3天后重建直至逐渐恢复;⑤ 聚类和共现网络分析显示,在中期变化剧烈的细菌与早期定植菌发生互作,可能在牙菌斑生物膜发育中有关键作用。
2019-06-20
中国科学院微生物所:全球化的微生物组数据存储和分析平台
① gcMeta建立了一个微生物基因组、转录组管理、分析、可视化及数据发布的一站式系统;② 存储了公共或私有的12万样本数据,总数据量超过120TB,并为用户提供项目数据管理系统;③ 平台基于Docker部署了90款生信软件,可实现(宏)基因组拼接和注释、扩增子和转录组分析等五大常用流程;④ 样本可提供发表专用的固定识别号(PID),并自动追踪引用;⑤ 平台是中科院中国微生物组计划成果的一部分,为世界提供了微生物组研究的“中国方案”。
2018-10-26
中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、研究员
中国科学院北京生命科学研究院教授
计算生物学联合研究中心秘书长
中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任
中国肠道大会联合发起人&执行主席
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
1997.09—2001.06,青岛海洋大学,学士
2001.07—2006.06,中国科学院海洋研究所,博士
2006.7-2010.12,美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,博士后
2011,中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员
现任中科院北京生科院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长等
宏基因组技术与人体健康,重点开发基于单细胞测序技术的宏基因组拼接、序列归类和注释等方面的算法和工具,研究人体口腔和肠道微生物组
基因组变异与精准医学,重点关注基因组结构变异挖掘中的中断点的精准定位等关键性问题
环形非编码RNA组学,为后续研究环形RNA的形成及可变剪接机制提供重要的方法学工具
在国际SCI刊物Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology和Hereditas等杂志担任编委
3次荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019)
培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”