赵方庆
中国科学院北京生命科学研究院教授、中科院北京生科院科研部副主任
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
张和平团队:胎粪菌群或主要源于羊水菌群
① 分析39对母婴的首次胎粪和母体样本(羊水、粪便、阴道液体和唾液) 微生物群;② α和β多样性分析揭示样本类型特异的微生物群特征;③ 母体羊水和阴道、胎粪、母体粪便和唾液样本中主要菌属分别为乳酸杆菌和弯曲杆菌、芽孢杆菌和大肠杆菌/志贺氏菌、拟杆菌和粪杆菌以及链球菌和沙门氏菌;④ 所有样本类型鉴定出特定的OTU;⑤ 胎粪微生物群来自多个母体部位,与多种母体样本微生物群存在共同OTU, 羊水菌群对胎粪微生物群的影响最大。
08-02
赵方庆团队:洗牙后口腔菌群的变化和重建
① 对9名个体洗牙前和之后3个月11个时间点采样,分析唾液和牙菌斑菌群的纵向变化;② 牙菌斑菌群在整个过程中波动明显,洗牙后7小时到3天,其组成与洗牙前差异最大;③ 唾液菌群相对稳定,是牙菌斑菌群的主要补充来源;④ 牙菌斑生物膜的菌群组成变化可分3个时期:洗牙后菌群解构,1天后严重偏离原始状态,3天后重建直至逐渐恢复;⑤ 聚类和共现网络分析显示,在中期变化剧烈的细菌与早期定植菌发生互作,可能在牙菌斑生物膜发育中有关键作用。
2019-06-20
中国科学院微生物所:全球化的微生物组数据存储和分析平台
① gcMeta建立了一个微生物基因组、转录组管理、分析、可视化及数据发布的一站式系统;② 存储了公共或私有的12万样本数据,总数据量超过120TB,并为用户提供项目数据管理系统;③ 平台基于Docker部署了90款生信软件,可实现(宏)基因组拼接和注释、扩增子和转录组分析等五大常用流程;④ 样本可提供发表专用的固定识别号(PID),并自动追踪引用;⑤ 平台是中科院中国微生物组计划成果的一部分,为世界提供了微生物组研究的“中国方案”。
2018-10-26
赵方庆等:孕期健康可塑造新生儿的初始菌群
① 分析486名孕妇和新生儿出生时多个身体部位的样本(口腔、咽喉、肠道等);② 新生儿样本中有丰富的细菌类群,不同部位菌群各有特征,提示新生儿的菌群定植应发生在出生前;③ 患妊娠期糖尿病(GDM)的孕妇及其新生儿的菌群明显改变,二者间存在一致的变化趋势,不同部位的菌群结构差异降低,某些细菌与口服糖耐量试验结果强相关;④ GDM新生儿胎便的菌群均匀度降低、代谢功能通路减少、某些病毒丰度上升;⑤ GDM改变孕妇及新生儿出生时的菌群。
2018-05-14
赵方庆等:菌群研究新策略——单细胞宏基因组学(综述)
① 单细胞基因组学和宏基因组学联用,使得许多未培养细菌群落被分离出来;② 由此可提升从复杂微生物群落中获取完整基因组信息的效率和准确性,有助于进行亚种水平识别、宿主-病毒互作等研究;③ 利用多重置换扩增法扩增全基因组,仍会遭遇基因片段嵌合、受污染DNA序列去除难、基因组覆盖不均匀等挑战;④ 随着测序计算的发展、基因组整合技术的提升,单细胞宏基因组学将得到不断完善,从而大大扩展人类对微生物及其功能多样性的认识。
2018-04-25
蔡军+朱宝利+杨新春等:肠道菌群失衡促进高血压
① 分析41名健康人、56名高血压前期和99名原发性高血压患者的宏基因组和代谢组;② 高血压前期和高血压患者的菌群失衡且非常类似,且均与宿主的代谢变化紧密相关;③ 两个患者组均表现出:微生物丰度和多样性明显降低,普氏菌占优的肠型,有益菌明显降低而普氏菌和克雷伯氏菌过度生长,微生物功能与疾病关联;④ 研究者建立了基于菌群并能从对照组准确区分高血压前期和高血压个体的分类器;⑤ 将患者菌群转入无菌小鼠,发现小鼠血压升高。
2017-02-01
赵方庆团队:突破宏基因组组装难题的新方法MetaSort
① 大部分分析宏基因组数据的现有方法有赖于参考基因组,而新的微生物群落的数量远远超出参考数据库的覆盖范围,从复杂的微生物群落做从头合成的宏基因组组装仍然是巨大挑战;② 研究者建立了新的实验和生物信息学平台MetaSort,用于宏基因组样本中细菌基因组的有效组装;③ MetaSort提供基于流式细胞仪和单细胞测序方法学的分类迷你宏基因组方法,并采用新的计算算法以有效地从分类迷你宏基因组并结合原始宏基因组中重建高质量基因组;④ MetaSort在基因组重建和组装中表现优异且无偏性,利用它分析在一种海藻表面定殖的未被探究的菌群,一次性成功重建75个高质量基因组。
2017-01-23
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
中国科学院北京生命科学研究院教授
中科院北京生科院科研部副主任
计算生物学联合研究中心秘书长
中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任
中国肠道大会联合发起人&执行主席
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
1997.09—2001.06,青岛海洋大学,学士
2001.07—2006.06,中国科学院海洋研究所,博士
2006.7-2010.12,美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,博士后
2011,中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员
现任中科院北京生科院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长等
宏基因组技术与人体健康,重点开发基于单细胞测序技术的宏基因组拼接、序列归类和注释等方面的算法和工具,研究人体口腔和肠道微生物组
基因组变异与精准医学,重点关注基因组结构变异挖掘中的中断点的精准定位等关键性问题
环形非编码RNA组学,为后续研究环形RNA的形成及可变剪接机制提供重要的方法学工具
在国际SCI刊物Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology和Hereditas等杂志担任编委
3次荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019)
培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”