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未培养微生物
文章数:3篇
宏基因组
Nature:未培养微生物中的40万个新基因家族
尽管微生物培养技术已取得很多进展,但地球上仍有大量未培养微生物,其基因的特征和功能在很大程度上被归为微生物“暗物质”。Nature发表的这项最新研究,对5个数据库中来自82个生境(含肠道)的近15万个细菌和古菌基因组(宏基因组组装基因组和单扩增基因组),进行了系统性地比较分析研究,编制了专属于未培养原核生物的新基因家族目录FESNov,使细菌和古菌基因家族数量变为原有的3倍,极大扩展了对未培养微生物遗传库在功能和演化方面的认知,有助于未来的宏基因组学研究。
宏基因组
微生物暗物质
未培养微生物
基因家族
参考基因组
肖亮+邹远强等Nature子刊:新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图
独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而,缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日,深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究,提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2,包含3324个高质量的分离株基因组草图,这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之,该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源,值得关注。
参考基因组
人类肠道
研究论文
基础研究
培养组学
宏基因组数据
农科院团队:用宏基因组指导未培养微生物的分离培养(综述)
宏基因组数据日益丰富,为指导靶标微生物的分离和培养带来了新的机遇。中国农科院王加启、赵圣国与团队近期在Microbiome发表文章,对利用宏基因组数据指导的微生物分离培养方法的研究进展进行了综述,介绍了基于宏基因组数据分离和靶向微生物培养的新方法及应用,主要包括特定培养条件的设计、特异性抗体捕获分离、靶向基因筛选分离等技术。通过未培养微生物基因组信息预测其代谢特征和生长需求,为分离培养新的微生物并解析其功能特征提供了突破机遇。
宏基因组数据
分离培养
靶向基因筛选
未培养微生物
稳定性同位素探针标记