高通量筛选

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高通量筛选

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Nature子刊：高通量厌氧筛选方法测试化合物对肠道细菌的影响

药物、化学污染物和食品添加剂等小分子外源性物质可以改变微生物群的组成，现在被认为是微生物组多样性的主要因素之一。由于群落的复杂性、单个物种的厌氧生长要求以及需要定量评估的大量相互作用，绘制此类化合物对肠道微生物组的影响图具有挑战性。Nature Protocols近期发表的文章，开发出一种高通量筛选方案，允许用户测试不同药物对单一细菌培养物、合成菌群和粪便样本衍生群落的生长影响。与其他方法相比，该方法提供了更高的吞吐量和成本效益，并且可在厌氧条件下进行。

肠道细菌小分子化合物高通量筛选

浙大Nature子刊：通过机器学习在短肽全库中高效筛选抗菌肽

在过去几十年里，多肽合成和修饰化学的技术进步极大促进了治疗多肽的发现和翻译，目前，超80种多肽药物已获监管机构批准，550-750种多肽正处于临床或临床前阶段。然而，由于肽序列的组合空间很大，系统地鉴定功能肽仍具有较大困难。近日，浙江大学计剑、赵俊博、张鹏及团队在Nature Biomedical Engineering发表最新研究，开发了一种结合经验判断、分类、排序和回归任务组成的全新机器学习管道（SMEP），极短时间内即可实现在含有数千亿候选序列的六肽-九肽全序列文库中抗菌肽的识别。此外，对其中3条代表性的抗菌六肽进行了实验研究，发现在患有细菌性肺炎的小鼠中，所确定的多肽雾化配方显示出与青霉素相当的治疗效果。总之，该研究报告的机器学习管道可能会加速新功能肽的发现，值得关注。

抗菌肽机器学习研究论文基础研究抗菌功能

哪些宿主和菌群产物可调节肠道屏障功能？

来自《Gastroenterology》上发表的一项最新研究，将CaCo-2细胞及T84细胞与LPS、TNF、组胺、受体拮抗剂、分泌蛋白文库、菌群代谢产物及药物等共培养，通过成像技术筛选可改变上皮紧密连接（TJ）及粘着斑形态的分子，鉴定出了一系列可破坏TJ或增加TJ完整性的分泌蛋白、菌群代谢产物及FDA已批准的药物。选取可破坏TJ的腐胺及可稳定TJ的牛磺酸在小鼠中进行验证，发现腐胺可促进致病菌感染、恶化结肠炎并降低生存率，而牛磺酸可抑制腐胺诱导的表型。

肠道屏障 Cytokine IBD model microbiota

Nature子刊：用于口服药物筛选的胃肠道新模型

利用癌细胞测试口服药物的传统方法，无法有效预测药物在肠道中的体内吸收情况，且存在效率低的问题。《Nature Biomedical Engineering》发表的一项研究建立了一个使用猪胃肠组织外植体的机器人培养系统，可用于高通量分析预测口服药物在人体肠道中的吸收情况。

药物研发口服药物药物吸收高通量筛选体外培养

食品添加剂

【安全观察】毒理学项目中的食品化合物

① ToxCast是美国环保署的一项化合物毒性预测项目，是利用体外高通量筛选来识别潜在有毒化合物，并为基于大数据的计算预测奠定基础。② 本文比对来自毒理学项目和毒理学数据库的数据；由于有些化合物当下不再使用，因此通过人工处理精简信息，为毒性测试优先排序提供参考。③ 通过人工处理删除319种化合物，重新分类30%的化合物。④ 与食品相关的化合物包括直接食品添加剂、间接食品添加剂和农药残留；1154种在全球范围内认定与食品相关。

食品添加剂化学品/产品分类数据库高通量筛选 Food additive Indirect food additive