单细胞RNA-seq

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单细胞RNA-seq

文章数：5篇

生物信息学

iMeta：国内团队推出单细胞分析流程ScRNAPip

本研究建立了一个系统化、动态和可重复的工作流程，并指导用户完成scRNA-seq分析的关键步骤，包括数据过滤、均一化、降维分析、差异分析、拟时序分析、单细胞浏览器、circos图、拷贝数变异 (CNV)、基因组不稳定性等。本文使用的代码可在Docker（https://hub.docker.com/repository/docker/zhangjing12/scrnapip）或GitHub （https://github.com/OpenGene/scrnapip）中公开获取。

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中山大学Nature子刊：局部炎症如何让大肠癌抵抗免疫治疗？

微卫星不稳定性尤其是高度微卫星不稳定性（MSI-H）与许多肿瘤（结直肠癌、子宫内膜癌、胃癌等）的发生和发展关系密切，与DNA错配修复缺陷（dMMR）高度相关，是肿瘤形成机制之一。免疫检查点抑制剂（ICIs）是免疫治疗新方式，并不是单纯指对机体免疫力提高，而是通过改善肿瘤周围免疫微环境，从而激活体内免疫细胞活性达到抗肿瘤效果。但目前，仍有一半的患者对ICIs产生耐药性，相关机制尚未明确。近日，中山大学丁培荣及团队在Nature Communications发表最新研究，发现局部炎症状况可能会损害MSI-H CRC患者的肿瘤反应，外周血中性粒细胞与淋巴细胞比值的增加与抑制的肿瘤免疫状态相关，进而影响肿瘤的预后及对ICIs的反应。总之，该研究为未来免疫治疗耐药的MSI-H CRC患者提供了新的治疗靶点，值得关注。

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Nature子刊：单细胞测序揭示乳糜泻患者小肠免疫细胞变化

乳糜泻是一种复杂的自身免疫性疾病，不仅会影响局部消化道，还会表现出全身症状，其发病机制涉及先天和适应性系统中不同免疫细胞间的相互作用。Nature Communications近期发表的文章，对健康人群、乳糜泻患者以及无麸质饮食治疗后的乳糜泻患者进行小肠单细胞RNA-seq分析，有利于全面了解乳糜泻期间小肠的免疫状况。

乳糜泻单细胞RNA-seq 研究论文小肠固有层 CD8+ T cells

多形拟杆菌产生的胞外囊泡如何影响宿主免疫？

紊乱的微生物群可导致与胃肠道有关的疾病，包括炎症性肠病（IBD），因此确定宿主与微生物的相互作用对于更好地了解肠道健康至关重要。肠道细菌的胞外囊泡（BEVs）被释放到肠道腔内，可以穿过粘液层，进入底层免疫细胞。Journal of Extracellular Vesicles发表的文章，为了探讨BEVs与宿主的相互作用，研究了由肠道共生细菌多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron）产生的BEVs对宿主免疫细胞的影响。研究利用单细胞RNAseq数据集与多形拟杆菌BEV蛋白质组相结合，开发了一个BEVs对免疫细胞在不同发展阶段、健康和溃疡性结肠炎状态下的影响的计算工作流程，并进一步通过BEV-单核细胞共培养实验，证实了BEVs可通过TLR4与人类单核细胞相互作用。本研究结果或有助于了解BEVs在IBD中的潜在治疗价值。

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细胞标记基因

国内团队：开发了单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG

2022年1月19日，中国科学院遗传与发育生物学研究所的王秀杰研究组联合华中科技大学软件学院的裴小兵研究组在生物信息学期刊Briefings in Bioinformatics在线发表了题为Accurate and fast cell marker gene identification with COSG的研究成果，提出了一种基于余弦相似度的方法COSG，该方法能在单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据中更准确和快速地鉴定出细胞标记基因。COSG程序的代码已通过GitHub网站开源发布。COSG程序的Python语言版本和R语言版本的代码链接分别为https://github.com/genecell/COSG和https://github.com/genecell/COSGR，并且可以很方便地整合到常用的单细胞数据分析软件Scanpy和Seurat中。

细胞标记基因余弦相似度单细胞RNA-seq 单细胞ATAC-seq 空间分辨转录组学