Sean Gibbons

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文章数：16篇

宏基因组样本

Nature子刊：估算肠道菌群生长阶段的新方法

粪便的纵向采样研究对人们了解人类肠道微生物组的生态动力学十分重要。但大部分的采样都是每天一次的频率，而共生菌的增殖、翻倍发生在分秒之间。二者的时间轴并不匹配。针对此，Nature communications发表的文章提供了一种新的估算方法。

宏基因组样本微生物生态学研究论文

血液代谢组

Nature子刊：血液代谢物与肠道菌群和宿主遗传间有何关联？

血液代谢组变化与人体健康密切相关，然而，目前关于遗传因素和微生物组如何影响血液代谢物水平的研究很有限。近日，美国华盛顿大学研究人员在Nature Metabolism发表最新研究，借助配对的基因组和微生物组数据，对930种血液代谢物（可在1569人队列中检测到）中的每种进行方差分析，发现超过60%检测到的代谢物与宿主遗传或肠道微生物组显著相关，其中微生物组影响最大接近70%，并且由微生物组解释的血液代谢物变化在很大程度上独立于由基因组解释的变化。此外，微生物组和宿主遗传也会进行一系列互作影响血液代谢物水平。总之，该研究表明可借助饮食、益生菌和其他生活方式干预影响大量由菌群驱动的特异性代谢物，为未来预防相关代谢性疾病提供了新支撑，值得关注。

血液代谢组基因组-微生物组互作研究论文基础研究肠道菌群

Nature子刊：“菌群年轻化”是否能促进人类健康衰老？要慎重（观点）

随着年龄增长，生态失调会增加，肠道菌群组成可能决定老年人的炎症和寿命。然而，关于肠道菌群的新证据表明，仅仅让菌群“时间倒流”可能不是最佳选择。近日，美国研究人员在Nature Aging发表最新研究，发现某些核心肠道物种，可能在年轻宿主身上能发挥有益或中性影响，但在老年时，可能会产生有害影响。而一些抗炎相关菌群代谢物（如吲哚）和免疫抑制细菌蛋白的增加有关，可能有助于抵消与衰老相关的系统性炎症。所以，肠道中与衰老相关变化可能有助于适应宿主生理变化，而更静态的菌群可能加剧这些变化对宿主健康的影响。因此，“年轻化菌群”是否真的有助于促进健康衰老，仍值得重新思考。

健康衰老菌群年轻化其他基础研究菌群代谢物

基线肠道菌群与生活方式干预的减肥效果相关

mSystems发表的一项最新研究，在健康生活方式干预的减肥人群中，探索了基线BMI、代谢健康、饮食、肠道微生物组功能谱与干预后的体重变化之间的相互作用，结果表明，肠道菌群可能通过不同的细菌生长速率、膳食能量收获效率和免疫调节作用，来影响宿主的减肥效果。

减肥肠道菌群

Nature子刊：老寿星肠道菌群的“独特”之处

肠道菌群对人类健康有重要影响，但其在人类衰老过程中的重要性尚不清楚。Nature Metabolism发表的一项最新研究，通过分析9000多人的肠道菌群，发现肠道菌群组成的独特性的持续增加，以及血液中相应的微生物代谢产物的变化，可反映人类的健康衰老。这些发现对研究肠道菌群在人类衰老中的作用有重要意义。

衰老长寿肠道菌群

肠道微生物

Nature子刊：肠道菌群组成或可成为健康和疾病的标志物

人体肠道菌群的变化可以反映宿主的生活方式和行为，影响血液中疾病生物标志物的水平。了解肠道菌群和宿主表型之间的关系对于理解健康和疾病至关重要。Nature Communications近期发表的文章，通过对3400名的肠道菌群和宿主表型特征进行分析，揭示出宿主饮食、生活方式、临床血液生物标志物和肠道菌群之间的互作关系，为将来研究宿主-微生物互作提供参考。

肠道微生物人群研究健康标志物疾病标志物

不同肠型之间发生直接转变可能很难

包括肠道菌群在内的多组学分析，有助于精准医疗的发展。PNAS上发表的一项研究，对108名受试者进行了纵向多组学分析，鉴定出两种肠型及其与血液代谢物和临床标志物等的关系。该研究表明，个体的肠道菌群很难在两种肠型之间发生直接转变，提示二者之间可能存在相互拮抗，而靶向菌群的干预方法，需要设计可行的路径来跨越肠型之间的壁垒。

多组学肠型 Microbiome multiomic state transition

肠道菌群多样性

Nature子刊：血液代谢组可预测人肠道菌群多样性

肠道菌群α多样性的降低与多种疾病相关，Nature Biotechnology发表的一项最新研究，在一个近400人的队列中分析了约1000种血液检测物（包括临床化验项目、蛋白质组和代谢组）与肠道菌群α多样性的关系，发现40种血液代谢物可预测肠道菌群的α多样性，且预测的多样性指数可反映与腹痛、便秘、腹泻和抗生素使用等宿主健康相关的菌群多样性变化。这些发现不仅揭示出肠道菌群组成与宿主代谢组之间密切的内部关联，也提示可以用血液检测来监控肠道菌群健康。

肠道菌群多样性 Biomarkers Microbial communities Data integration machine learning

细菌适应性

Cell子刊：人体肠道内的“适者生存”

任何环境下细菌都在经历自然选择过程。来自MIT的赵诗杰博士与其同事近期在《Cell Host and Microbe》发表研究，将菌株培养技术与粪便菌群宏基因组测序技术联用，发现了脆弱拟杆菌通过积累突变来适应人体宿主环境的模式、人体肠道适应性密切相关的基因以及在人体宿主内的菌株演化动态特点。该结果有助于研究肠道共生细菌的适应性机制，对于阐释细菌-人体宿主互作以及共演化具有重要参考价值。

细菌适应性宿主内演化粪便宏基因组菌株培养脆弱拟杆菌

简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响

短期饮食干预对肠道菌群的影响，是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验，揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。

简单饮食和补充剂对人肠道菌群的短期影响

短期饮食干预对肠道菌群的影响，是目前的一个研究热点。Scientific Reports近期发表一项小型人体试验，揭示了低复杂度的标准化液体食物和益生元对健康受试者肠道菌群的短期影响。

饮食肠道菌群益生元 Gunnar C Hansson Gunnar C Hansson

Cell子刊：膳食成分控制肠道共生菌定植

开发可控的菌群干预手段意义重大。本研究利用非常规膳食成分，影响特定肠道共生细菌在肠道菌群内的定植和丰度，并发现早期饮食干预的频率影响该成分对相应细菌的作用。该成果为开发通过饮食进行可控性菌群干预手段提供了参考，值得专业人士关注。

饮食干预 Bacteroides gut microbiome Gut microbiota orthogonal niche

菌群抗逆性

抗逆性细菌或为人类肠道的核心菌群

人肠道菌群中存在大量具有产内生孢子和其他抗逆性状的细菌。本研究通过检测人粪便菌群，监测具有抗逆性状的菌群结构和动态变化，发现抗逆类群在个体间的差异性较小、更易在个体间共享，而且抗逆类群的生长与脂肪酸含量有关，有望通过膳食脂肪酸进行菌群调节。本研究角度新颖，值得专业人士关注。

菌群抗逆性膳食脂肪酸人粪便菌群 Yuanyuan Li Yan Zhang

NC：重新分析既有数据，探究疾病与菌群的相关性

这是Nature Communications[IF：12.124]发表的关于对横跨10种疾病的28项已发表的菌群研究的数据进行再分析的研究，对不同疾病与菌群的相关性进行了新的定义，很值得关注，特别推荐！

疾病 meta分析 Sivaranjani Namasivayam Alan Sher Michael S Glickman

MB：如何研发合生制剂？

这是Microbial Biotechnology[IF：3.513]发表的关于设计和研发合生制剂产品的重要文章，篇幅不长，干货不少，值得认真看看。

合生元 Eelke Brandsma Debby PY Koonen

肠道菌群动态

PCB：人体肠道菌群的两个动态体系

菌群数据分析的方法学创新，值得读一读。

肠道菌群动态非自回归时间序列均值回归稀疏向量自回归模型