Microbiome

吲哚丙酸（IPA） breast cancer Microbiome oncobiome indolepropionic acid

饮食中的碳水化合物类型，可能通过改变肠道菌群及其衍生代谢物，来影响心脏代谢风险。American Journal of Clinical Nutrition近期发表的一项临床研究，探索了富含简单、精制或未精制的膳食碳水化合物的饮食，对人肠道菌群组成/功能及特定代谢物的影响。研究表明，吃未精制碳水化合物饮食对肠道菌群和次级胆汁酸有少量影响，可能有助于改善心血管代谢风险因素；简单和精制碳水化合物对肠道菌群的组成和功能也有不同影响。

饮食-菌群互作膳食碳水化合物 carbohydrate quality Microbiome metatranscriptomics

生物标志物

Nature子刊：或可预测健康状态的肠道菌群健康指数

用肠道菌群作为标志物进行疾病检测，是菌群转化研究的热点之一。Nature Communications发表一项来自美国梅奥诊所的新研究，基于对4000多个人粪便宏基因组的整合分析和数学建模，构建了一个可用于独立预测健康状态的肠道菌群健康指数。这项研究进一步拓展了人们对于“健康的肠道菌群”的认知，或有转化应用潜力。

生物标志物 Biomarkers Genome informatics Microbiome 粪便宏基因组

鸡肠道菌群

养殖条件如何影响鸡的肠道菌群？

Microbiome发表的一项研究，分析了不同养殖条件和参数对鸡的肠道菌群、生长性能和致病菌（弯曲杆菌）的影响，对于研究家禽养殖有参考意义。

鸡肠道菌群 chicken Microbiome Campylobacter Production systems

脂肪肝

早期营养不良或导致脂肪肝和异常肠道菌群

非酒精性脂肪肝（NAFLD）常发生在营养过剩的人群，但在营养不良人群也有发生。营养不良会破坏全身代谢，并与肠道微生物失调有关。事实上，在卫生条件差的地区，长期接触粪便微生物会导致营养不良。mSystems近期发表的文章，发现营养缺乏可导致早期生命发育的一个重要窗口中断，会显著影响肝功能，饮食干预可减轻营养不良小鼠的异常代谢和菌群特征。

脂肪肝 gut-liver axis metabolomics Microbiome NAFLD

噬菌体

一文读懂噬菌体-菌群-宿主互作（综述）

噬菌体虽被视为耐药菌感染的潜在天然疗法，却因其特性和机制不明而受到应用限制。测序技术的发展促进了对噬菌体攻击、破坏细菌的溶解和溶原机制的了解。Cellular and Molecular Immunology上发表的一篇综述文章，详细介绍了噬菌体-菌群-宿主免疫系统的互作机制，并展望了噬菌体在靶向菌群治疗和免疫调节领域的巨大应用前景。深入探索噬菌体--细菌-宿主间的相互作用，有助于更好的利用噬菌体治疗多种传染或非传染性疾病。

噬菌体 microbiota Microbiome phages 菌群-免疫互作

饮食-菌群-免疫互作

Cell子刊：一文读懂饮食-菌群-免疫的互作机制（综述）

饮食-菌群-免疫互作 Microbiome Nutrition IMMUNOLOGY metabolites

菌种保藏

微生物组“生物银行”的建设面临巨大挑战（综述）

传统上，微生物学研究依赖于分离的可培养微生物，相应的通用型实验技术和分析方法可确保微生物学研究的质量和可重复性。而随着微生物组研究领域迅速发展，微生物学科面临着科学方法的范式转变，即从保存单种培养物转向保存复杂的微生物群落，这就需要发展相应的基础设施。但目前所需的生物库（“Biobanks”）基础设施不够完善，没有为微生物组的研究做好充分准备。发表在Trends in Microbiology上的一项综述文章，讨论了微生物组样本的保藏目的、保藏对象和保藏方法，以及它们应该如何支持微生物组学研究，并指出现有保藏方法的局限性。因此，迫切需要优化及开发菌种保藏和评估方法，以保证复杂微生物样本的功能和组成的完整性。

菌种保藏 Microbiome Biobanks metagenomics cryopreservation

食品菌群

Nature子刊：奶酪品质好不好？菌群很关键

Nature Food近期发表的一项研究，对爱尔兰55种奶酪进行宏基因组及品质分析。结果表明，不同奶酪中菌群各异，受生物或非生物因素的影响呈一定动态变化。这些菌群通过分泌菌素或其它抗菌素，抵御噬菌体等的入侵。同时，宏基因组检测到的47个新品种可能影响奶酪质量。该研究彰显了宏基因组技术在研究发酵食品等方面的巨大潜力。

食品菌群 Applied microbiology Microbiome 奶酪

16s

哈佛Huttenhower组综述菌群的株水平研究

本文是宏基因组菌株研究系列软件开发团队、iHMP项目数据整合分析负责人Huttenhower课题组撰写的综述，回顾了菌株的操作定义（例如遗传和结构变异），使用不同的高通量技术（通常为不依赖于培养的技术）从微生物群落中鉴定出菌株。作者总结了菌株在人体的分布和多样性，以及它们与健康维护、疾病风险和进展的新联系，以及对饮食或药物等扰动的生化反应。文中列出了利用高通量测序以及其他分子和“培养组学”技术鉴定，定量和追踪菌株的方法，最后作者讨论了人口群体水平中实验研究缺乏的现状，以及更好地了解菌株对人类微生物组健康影响方面的意义。

16s 微生物菌株微生物群落微生物组宏基因组学

神经退行性疾病

Cell子刊：肠道菌群如何影响神经退行性疾病（综述）

越来越多的证据表明，肠道菌群参与影响神经退行性疾病（ND）的易感性和进展。在Cell Host & Microbe发表的最新综述中，来自UCLA的P Fang等人讨论了菌群在衰老和ND中的作用，重点总结了帕金森病、阿尔茨海默病、肌萎缩性侧索硬化症和亨廷顿氏病等相关的菌群变化，以及背后潜在的免疫、神经和代谢调节机制，并探讨了菌群靶向干预的现状和研发方向。

神经退行性疾病 Microbiome neurodegenerative disease Alzheimer's Parkinson's

疫苗免疫

Cell子刊：微生物如何影响人类疫苗免疫（综述）

疫苗是预防感染性疾病最有效的方式，但疫苗诱导的免疫反应在个体间和不同地区的群体间具有较大的差异性，了解这种差异性存在的机制对人类健康具有重大意义。近期发表在Cell Host and Microbe的综述文章，详细介绍了微生物群对疫苗免疫的影响。

疫苗免疫 vaccines Microbiome human immunology systems vaccinology

Microbiome

Cell子刊：肠道菌群与脂肪肝的研究现状和未来方向（综述）

Microbiome metagenomics non-alcoholic fatty liver disease NAFLD Non-alcoholic steatohepatitis

胎盘菌群

胎盘菌群知多少？（综述）

胎盘中是否存在微生物一直饱受争议。本研究通过对目前现有的研究胎盘菌群的文章进行总结和阐述，展现目前研究进展的同时，指明进一步研究的方向。

胎盘菌群 Microbiome Placenta Infant gut colonization

精准营养

精准营养中的“虚拟数字双胞胎”（观点）

精准营养 Nutrition Obesity nutrigenetics immunome

微生物组

苏晓泉等：菌群大数据挖掘的机遇和挑战（综述）

在过去的十年中，已经产生了大量的微生物组测序数据来研究微生物组成与环境之间的动态关联。如何准确，有效地破译大规模的微生物组数据，并进一步利用，已成为目前微生物组研究的瓶颈之一。在本综述中，青岛大学苏晓泉与团队重点分析了交叉研究微生物组数据集的三个关键步骤，包括微生物组分析，数据整合和数据挖掘。通过介绍当前的生物信息学方法并讨论其局限性，作者展望了开发这三个步骤的计算方法的机会，并提出了多组学数据分析的可能的解决方案，以便从不同的角度全面理解和快速研究微生物组，从而可以通过提供“微生物组数据空间”的更广阔视野，更有效地促进数据驱动的研究。

微生物组鸟枪法宏基因组学扩增子测序数据挖掘微生物组搜索

菌群-免疫互作

营养不良儿童的IgA与粪便菌群结合的变化

菌群-免疫互作 environmental enteric dysfunction immunoglobulin A Immunoglobulin G Microbiome

尿道微生物组

Cell子刊：宿主遗传和环境影响大龄女性的尿道菌群

尿道菌群随性别而变化，且在老年人群中与发病率有关。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对1600位45岁以上女性双胞胎进行尿道菌群分析，发现尿道菌群具有独特组成，且宿主遗传和宿主环境影响尿道菌群组成。

尿道微生物组 Microbiome Genetics urogenital tract Ageing

酒精性肝炎

酒精性肝炎患者的粪便菌群可反映疾病严重程度

Gut Microbes发表的一项研究，对欧洲和美洲的酒精性肝炎患者的粪便菌群进行分析，揭示了与疾病严重程度等因素相关的菌群变化特征。

酒精性肝炎 16S sequencing Microbiome alcohol-related liver disease metagenomics

呼吸系统疾病

金属加工厂的环境微生物或危害人体健康

金属加工液（MWF）是一种微生物高度定殖的液体，工人接触具有呼吸系统症状和疾病的风险。在一家制造厂接触MWF的工人中，出现了一种新型职业相关肺部疾病，表现为淋巴细胞性毛细支气管炎和肺泡导管炎，伴有B细胞滤泡和肺气肿。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine近期发表的文章，对接触MWF的工人（健康和呼吸道疾病患者）进行菌群分析，发现MWF中优势类群可转移到患者和机械车间工人，且MWF可体外刺激小鼠B细胞增殖，这是该病的特征之一。研究提示工作相关的微生物环境暴露是人类微生物群的决定因素之一，可能对肺健康产生影响。

呼吸系统疾病 Occupational disease occupational exposure bioaerosols microbiota

耐药组

养殖场与屠宰场工人的粪便耐药组

Environment International上发表的一项最新研究，对比分析了养鸡场工人、养猪场工人、猪肉屠宰场工人及对照的粪便抗菌素耐药基因（ARG），发现粪便耐药组受到养殖场类型、养殖场工作时间、屠宰线工作位置等因素的影响。

耐药组 Resistome Microbiome Antimicrobial resistance occupational exposure

菌群-免疫互作

Cell：肠道细菌如何帮助抵抗虫媒病毒感染？

基孔肯雅病毒（CHIKV）是一种由蚊虫传播的虫媒甲病毒属病毒，可导致基孔肯雅热——一种以发热、皮疹及关节疼痛为主要特征的急性传染病。哪些因素在影响人体对这种病毒感染的易感性，尚不清楚。《Cell》发表的一项最新小鼠研究表明，肠道共生菌能通过特定的次级胆汁酸产物，促进浆细胞样树突状细胞快速产生IFN信号，诱导血液单核细胞表达ISG基因，从而增强抗病毒免疫应答，减少CHIKV感染和传播。这些发现加深了人们对肠道菌群调控免疫反应的认知，为进一步开发相关抗病毒干预手段提供了新思路。

菌群-免疫互作 chikungunya alphavirus Microbiome interferon

菌群-免疫互作

胞质模式识别受体及其与菌群的互作（综述）

模式识别受体（PRR）可识别病原菌和共生菌，从而调节机体免疫稳态。Immunological Reviews上发表的一篇综述文章，详细介绍了胞质中各类PRR的结构、功能及其在宿主-菌群互作中发挥的作用，并讨论了胞质PRR与健康及疾病的关联，以及调节胞质PRR的活化及信号通路以治疗相关疾病的潜在可能。

菌群-免疫互作 Immune system inflammasome innate immune receptors Microbiome

母婴菌群传递

Cell子刊：母婴菌群传递，母乳不可忽视

母乳中含有来自体内和体外的细菌，但是这些细菌是否会转移并定植到婴儿肠道中，以及母乳喂养实践（纯母乳的程度、持续时间、是否挤出喂养）在多大程度上会影响这一过程，尚不明确。《Cell Host and Microbes》发表的一项最新研究，对加拿大CHILD队列中的1249个母子对的母乳菌群以及3月龄和12月龄的婴儿粪便菌群进行了分析，并探究了与母乳喂养实践之间的关系，鉴定出一些在母乳和婴儿肠道中共享的细菌，说明一些细菌或许能通过母乳转移到婴儿肠道中，并影响婴儿的菌群发育。

母婴菌群传递 Microbiome microbiota breastmilk human milk

肠-脑轴

Nature：肠道菌群调控交感神经的肠脑轴神经机制

肠-脑轴 Microbiome neuroimmunology 肠道菌群神经回路

低聚糖

高分辨时间剖面揭示菌群-低聚糖互作

研究利用高分辨时间剖面以及MC-TIMME2模型对低聚糖干预的健康人群的肠道菌群进行追踪和分析。研究结果显示，不同低聚糖的干预下，肠道菌群呈现出一致、持续性且差异化的动态变化，且与干预的剂量和顺序无关。菌群对不同低聚糖的发酵代谢机制也不同。

低聚糖 Dynamics gastrointestinal Glycans Human

微生物组

宏基因组学能回答什么问题？什么不能？（综述）

本文介绍了使用宏基因组学的优势，以及当前可用的分析工具得出的结论的范围，例如跨门和功能组成在物种和菌株水平的高分辨率，同时强调了宏基因组学数据分析的挑战，且表明将来技术和方法的改进和创新将导致成本降低，并预期我们将不仅能够表征复杂的微生物群，而且能够操纵群落以实现人类健康、农业和环境可持续性发展的结果。

微生物组宏基因组学 DNA测序微生物学计算生物学

细菌培养

肠道细菌的通量化培养装置——微流控液滴培养MicDrop平台

肠道细菌的培养和筛选可以测试微生物的功能和治疗潜力，但人类肠道微生物群落的多样性阻碍对单个细菌类群的全面研究。mSystems发表的文章，研发了一种微流控液滴细菌培养平台MicDrop，可培养超过传统培养方法2.8倍的细菌类群，并对健康人肠道菌群对饮食多糖代谢能力进行研究。该装置或可改造，以适应更多的微生物分析需求。

细菌培养 Microbiome Microfluidics bacteria Gut

肝硬化

Cell子刊：肠道菌群特征可用于肝硬化的无创诊断

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）等慢性肝病患者中常见肠道菌群失调，这些菌群变化或能用于相关疾病的无创检测。《Cell Metabolism》发表的一项美国研究，分析了NAFLD肝硬化患者粪便样本中的菌群物种、基因通路和代谢物改变特征及其相互关联，用随机森林机器学习方法，鉴定出适用于不同病因、种族和地区人群的通用肝硬化肠道微生物组特征，结合血液指标还能对肝硬化和早期肝纤维化进行区分。该研究说明，粪便微生物组特征可用于肝硬化的无创诊断，且特定的肠道细菌或许可作为防治肝硬化的新靶点。

肝硬化 Microbiome NASH Non-alcoholic steatohepatitis non-alcoholic fatty liver disease

IBD

中山大学附属第六医院：菌群在IBD中的作用（综述）

肠道菌群失调与IBD的因果关联尚未被完全证实，但许多研究发现，至少部分菌群变化是IBD的起因或在IBD中起保护性作用。中山大学附属第六医院的兰平团队与牟翔宇团队在Protein & Cell上发表的一篇综述文章，详细介绍了在IBD中起到潜在保护性作用的细菌物种、细菌产物及相关通路，以及可能促进IBD发生发展的细菌物种、细菌产物及相关通路，同时总结了IBD相关的肠道真菌及病毒变化，最后讨论了通过调控菌群治疗IBD的潜在可能。

IBD INFLAMMATORY BOWEL DISEASE Pathogenesis Etiology Microbiome