Jun Wang

菌群研究菌群治疗访谈录人体菌群菌群治疗

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

高脂饮食

Microbiome：高脂饮食而非肥胖导致小鼠肠道菌群改变

胖老鼠的肠道菌群发生改变，是因为它胖，还是因为它吃了不健康的食物呢？这篇文章有答案！吃，看来是肠道菌群扰动的最大因素之一！

高脂饮食肥胖 C57BL/6J mice 129S6/Sv mice Obesity High-fat feeding Microbiota Microbiome Indomethacin

粪菌移植

APT：新鲜粪便样本用于粪菌移植治疗CDI效果最好

做粪菌移植，冷冻的好，还是新鲜的好？之前有研究认为二者区别不大，但这个研究发现还是新鲜的好。研究总是会有差异，到底怎样的好，我们一起让子弹再飞一会。

粪菌移植复发性艰难梭菌感染随机双盲临床试验新鲜粪便冻干粪便

参考基因集

史上最多双胞胎菌群测序：250人，鉴1140万基因+800万SNP

华大基因参与的一项研究，对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序，建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录（比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个），同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP，并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章，特别推荐！值得一提的是，该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里，这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。

参考基因集宏基因组测序 SNP 遗传因素环境因素

参考基因目录

Nature子刊：在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因（2016）

对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序，鉴定出719个宏基因组物种，770万个非冗余基因，这个与迄今为止在人类肠道菌群中发现的基因数量（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045745408）有得一拼哪。强烈推荐看一看。

参考基因目录抗生素耐药基因猪抗生素抗药性

基因组

SR：鹅与肠道菌群的适应性共进化

鹅有着许多独特的能力，如肝脏脂肪沉积及纤维消化，这些能力的获得，除了鹅自己的基因组给力外，肠道菌群的宏基因组也发挥关键性作用。最近SR上，已经连续有两篇关于鹅的肠道菌群的研究，他们的Editor爱吃鹅肝？[呲牙]

基因组宏基因组鹅肠道菌群适应性进化

血清代谢组学

Nature：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险

血清代谢组学胰岛素抵抗支链氨基酸转运蛋白葡萄糖不耐受

宏基因组关联分析

Nature Reviews：王俊&贾慧珏教你MWAS怎么玩！

宏基因组关联分析 MWAS 因果关系慢性病 2型糖尿病

二甲双胍

Nature：二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响？

去年Nature上的重量级研究，证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸，并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。

二甲双胍二型糖尿病短链脂肪酸埃希氏杆菌 Grace Hewon Shin

类风湿关节炎

类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复

① 纳入类风湿关节炎患者（RA）及健康人的粪便、牙齿及唾液样品，分析三个部位样品菌群组间差异；② RA患者口腔及肠道菌群失调，且具有一致性，治疗后菌群可部分恢复；③ RA患者样本中，嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关，唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关；④ 在功能上，RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变；⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态，提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。

类风湿关节炎口腔菌群肠道菌群 W H Wilson Tang Stanley L Hazen

婴儿肠道微生物

Cell子刊：出生第一年，人的肠道菌群会怎么变？（综述）

① 纳入98对母子，并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定；② 与经阴道分娩的婴儿相比，剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低；③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟；④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响，停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的，而引入固体食物是非必需的；⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征，与微生物群落的功能匹配相一致。

婴儿肠道微生物母乳喂养

肠道菌群

健康和炎症性肠病人群中固有和活跃肠道菌群的地理模式

① 分析来自德国、立陶宛及印度的健康人或炎症性肠病（IBD）患者的89个粘膜活检样品；② 在细菌分类水平和菌群组成（β-多样性）层面揭示了IBD相关肠道菌群受到疾病状态和地理因素的影响；③ 地理因素对活跃肠道菌群（菌群16S转录水平）影响更大；④ 柔嫩梭菌中的两个属与IBD相关且不受地理因素影响；⑤ 指示种分析表明，与IBD相关的菌属存在人群共享，也存在私有，该结果可为菌群在疾病病因和治疗靶标的研究中提供理论基础。

IBD 肠道菌群地理因素 Cheng-Ying Jiang Shuangjiang Liu

参考基因

Nature子刊：在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因（2014）

2014年，以MetaHIT为班底的团队，特别是华大基因团队，在Nature Biotechnology上公布了截至当时最全的肠道微生物参考基因集，包含9879896个基因，这是令人震惊的数字！

参考基因人肠道宏基因组基因集数据库 metaHIT Hsin-Jung Joyce Wu

二型糖尿病

Nature：二型糖尿病人的肠道菌群长啥样？（2012）

这是MetaHIT的核心成果之一，也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果，这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河，随后大量慢病相关研究出现，包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。

二型糖尿病宏基因组相关研究的方法宏基因组基因关联群组宏基因组测序 Thomas Blank

人肠道宏基因组

Nature：在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因（2010）

经典回顾，这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果，也是覃俊杰博士的成名之作，迄今被引用次数已近4000次。

人肠道宏基因组 Jacques Ravel Jacques Ravel