白蓝木

脊髓损伤（SCI）是一种严重的破坏性疾病，通常导致严重的神经损伤，严重影响患者的生命和生存负担，然而疾病相关临床干预手段有限。近年来研究显示肠道菌群可以通过菌群-肠道-脑轴影响中枢神经系统，为SCI的研究和潜在治疗提供了新的方向。然而，目前对于肠道菌群通过肠脑轴影响损伤神经修复的机制尚不明确。近期国内首都医科大学及北京脑重大疾病研究院于艳和李建军团队在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表了一篇最新研究成果，通过临床队列和小鼠模型的研究发现，肠道菌群可能通过影响短链脂肪酸途径影响SCI患者神经修复的过程。该研究为SCI诱导的肠道菌群失调的机制提供了新的见解，为临床干预SCI患者神经修复提供了新的思路。

脊髓损伤（SCI）肠道菌群紊乱短链脂肪酸人群队列研究小鼠模型

小星海葵的菌群构建和演替机制研究

多细胞生物的菌群在宿主个体发育过程中经历大变化，但控制其菌群组装和演替的机制知之甚少。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，表明宿主小星海葵细菌定植演替机制，发现几丁质的宿主-微生物互作是细菌早期重定植的驱动因素及细菌-细菌互作是后期定植的驱动因素。

结直肠癌

卜鹏程等Cell子刊：CLMP是大肠癌的肿瘤抑制因子

CAR样膜蛋白（CLMP）是一种紧密连接相关蛋白，其突变与先天性短肠综合征（CSBS）有关，但其在结直肠癌（CRC）中的功能尚不清楚。中科院生物物理所卜鹏程、郑州大学第一附属医院刘金波、北京儿童医院的张鹏与团队在Developmental Cell发表文章，发现CLMP是一种肿瘤抑制因子，通过调控Wnt/ β-catenin信号抑制结直肠癌的肿瘤发生。同时发现CYP26A1抑制剂能够提高ATRA的治疗效率。

结直肠癌 CLMP 反式视黄酸

系统发育分析

VBCG：经验证的20个核心基因集，可提高系统发育分析？

系统基因组分析已成为细菌多样性和进化研究中不可分割的一部分，许多不同的细菌核心基因已被整理并用于系统基因组树重建。然而，这些基因的选择是基于它们在所有细菌基因组中的存在和单拷贝比率，而忽略了基因的“系统发育保真度”。近日，伊利诺伊理工大学研究人员在Microbiome发表最新研究，提炼出经过验证的20个核心基因集，用于提高系统发育分析的保真度和分辨率。此外，还开发了一个Python流程和桌面应用程序，用于自动重建系统基因组树，值得关注。

系统发育分析核心基因集研究论文基础研究 16S rRNA

结直肠癌

JAMA子刊：直肠癌患者治疗失败后的总体生存率

直肠癌患者发生局部复发和/或远处转移后的肿瘤学结果仍缺乏研究。近日，发表在JAMA Network Open上的这篇文章，分析德国直肠癌研究组连续三项2期或3期试验中直肠癌患者治疗失败后的总生存趋势，并表明过去几十年中挽救策略的进步或可改善治疗失败的直肠癌患者的总生存期。

结直肠癌

古生物

古宏基因组分析的新方法

详细了解古代环境、生活方式和疾病方面目前仍存在巨大挑战。其中，高错误率在古代宏基因组学中一直是一个挑战，满足该领域需求的计算框架的可用性有限。近日，隆德大学研究人员在Genome Biology发表最新研究，提出了aMeta，这是一种精确的古代DNA宏基因组分析工作流程，使用模拟数据，将aMeta与当前最先进的工作流程进行比较，证明其在微生物检测和认证方面的优势，可显著降低计算机内存的使用率，值得关注。

古生物宏基因组研究论文基础研究生信工具

IBD

IBD患者的心律失常风险增加

PLoS Medicine上发表的一项队列研究结果，在瑞典的超过8万名IBD患者中，相比于无IBD的兄弟姐妹及相匹配的对照，克罗恩病患者、溃疡性结肠炎患者及未分类IBD患者的心律失常风险均显著增加，且可持续至确诊后25年。

IBD 心律失常研究论文队列研究

国内团队：一氧化碳纳米疗法或可靶向治疗IBD

传统炎症性肠病（IBD）药物治疗由于其潜在的脱靶全身副作用而具有显著局限性，目前对于如何有效解决IBD微环境中的过度氧化应激、免疫稳态失调和菌群失调等问题还缺乏了解。近日，西安交通大学和水祥团队、重庆大学蔡开勇团队联合西北工业大学袁璋团队在ACS Nano上发表文章，开发新型口服一氧化碳纳米疗法，通过清除氧化应激和恢复肠道免疫稳态以治疗IBD。

因果推断

Cell子刊：新型理论框架或可用于微生物组-代谢组关系的因果推断？

由于组学类别的多变量性质以及未测量的混杂因素的影响，使用观察数据对代谢领域的微生物组与宿主关系进行因果推断通常很棘手。然而，鉴于微生物组作为干预目标的重要性日益凸显，了解微生物组对宿主代谢组的因果影响对于设计和测试益生元和益生菌干预措施的功效变得至关重要。近日，爱尔兰国立大学戈尔韦分校研究人员在Cell Reports Methods发表最新研究，提出了一个理论框架，将群体统计与COBRA微生物群落模型相结合，用于微生物组-代谢组关系的因果推断，实测性能较好，值得关注。

因果推断代谢组研究论文基础研究微生物组

微生物富集法

Nature子刊：微生物富集法或可助力处理高宿主率宏基因组样本？

宿主-微生物互作已经通过微生物分类分析与健康和疾病状态联系起来，主要是通过16S rRNA基因测序。然而，许多机制的见解仍然难以捉摸，部分原因是研究与哺乳动物组织相关的微生物基因组是困难的，因为这些样本中宿主与微生物DNA的比例很高。近日，美国加州理工学院研究人员在Nature Methods发表最新研究，描述一种微生物富集法，利用宿主和细菌细胞间的大小差异，利用机械应力（头部敲打）结合选择性裂解方案，进而有效去除高宿主率样本，在多个样本中测试性能较好，值得关注。

微生物富集法宏基因组样本研究论文基础研究高宿主污染

肠上皮细胞

Cell子刊：巨噬细胞在肠上皮细胞更新中发挥核心作用

肠道上皮细胞层作为一道屏障，分隔开肠腔内容物和身体的其他部分。当上皮细胞自我更新功能出现紊乱、肠道菌群或免疫功能失调时，可能会导致炎症性疾病。近日，维也纳医科大学研究人员在Cell metabolism发表最新研究，发现结肠中的巨噬细胞与上皮隐窝细胞紧密接触，并通过mTORC1信号通路为其提供代谢支持。特别当肠道上皮细胞面临增殖压力（如炎症性肠炎）。巨噬细胞产生的多胺会被上皮细胞摄取，进而优化其细胞代谢，以最大化增殖和防御功能，值得关注。

肠上皮细胞巨噬细胞研究论文基础研究免疫代谢

数据库

微生物信号转导数据库的新版本MiST 4.0

细菌和古细菌中的信号转导系统将环境刺激与特定的适应性细胞反应联系起来。它们控制着基因表达、运动、生物膜形成、发育和其他对生存至关重要的过程。近日，俄亥俄州立大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，发布了微生物信号转导数据库新版本MiST 4.0，并允许用户开始探索其信号转导谱。MAGs代表了独特且未经探索信息的丰富来源，该数据库的发布为宏基因组信号转导的研究奠定了基础，值得关注。

数据库 MiST 4.0 研究论文基础研究宏基因组组装基因组（MAGs）

宏基因组组装基因组（MAGs）

Nature Reviews：评估MAG质量的不同工具和策略（评论）

随着测序技术和生物信息学工具的快速发展，如今微生物相关研究已经产生了大量的宏基因组组装基因组（MAG），如何评估这些基因组的完整度和污染率，一直是该研究领域的重要课题。近日，发表在Nature Reviews Microbiology的一篇报道，介绍了用于评估微生物组研究中生成的MAG的质量的不同工具和策略（CheckM、CheckM2及uBin），为后续研究人员进行基因组质量评估提供了指导，值得关注。

宏基因组组装基因组（MAGs）质量评估其他基础研究宏基因组工具

数据共享

Nature子刊：共享微生物组数据和分析的挑战与机遇（观点）

微生物组研究领域正在产生大量复杂的数据，包括微生物组数据、元数据和分析工作流程。尽管在数据共享方面已经建立了基础设施和技术，但由于微生物组研究的跨学科和多组学特性，资源的识别和使用仍存在困难。该领域仍然面临缺乏特定数据共享或可重复性资源的问题。一篇发表在Nature Microbiology上的观点文章讨论了微生物组数据和分析共享中的挑战和机遇，并提出了最佳实践和建议，以确保微生物组特定数据库能够整合未来的数据分析和重复使用。

数据共享微生物组数字资源利用

Cell：发现新型抗生素Clovibactin

抗生素耐药性是全球主要的死亡因素，急需新的抗生素以对抗临床耐药菌。近日，发表在Cell上的这篇文章，从未培养的土壤细菌中分离出来新型抗生素Clovibactin，经研究这种强效抗生素有望设计出改进的疗法，在不产生耐药性的情况下杀死细菌病原体。

Cell子刊：共生厚壁菌门控制宿主系统免疫机制

肠道菌群调节跨器官系统的免疫力，然而目前哪些肠道共生菌控制系统免疫、利用机制及如何避免炎症损伤尚不清楚。近日，发表在Cell Host and Microbe上的这篇文章，揭示宿主耐受和抵抗机制，使共生厚壁菌门能控制全身免疫而不会对宿主造成炎症损伤。

肠道免疫

Cell子刊：肠道微生物群如何调控γδ17细胞？

Cell Reports近期发表的文章，发现肠道微生物群指示γδ17细胞表达PD-1和IL-17，建立了前者抑制后者的二元模块。该模块和γδ17细胞的脂质摄取增加，可支持γδ17对组织炎症的原位反应。

肠道免疫 γδ17 T细胞 PD-1 IL-17

肠道菌群

如何提高公民对肠道微生物组健康的认知？

目前，公民缺乏关于肠道微生物群对健康的影响，以及生活方式和饮食选择如何影响健康的知识，这会增加一些非传染性疾病的风险并影响整体健康。参与性行动研究（PAR）是一种很有前景的方法，来加强沟通，鼓励个人采取更健康的行为，改善他们的健康。而Photovoice（影像发声）是定性研究中使用的一种视觉方法,它是将文字和图片结合在一起以表达和记录社区的愿望、需求和问题的一种方法,是一种视觉方法。Gut Microbes近期发表的文章，探讨将影像发声方法与公民科学方法相结合来促进人们认知肠道微生物群健康的可行性。

肠道菌群公民科学非传染病疾病风险

CheckM2

Nature子刊：利用机器学习评估微生物基因组质量的工具CheckM2

基因组组装或者Binning获得的基因组草图，首先需要评估其质量，包括基因组完整度、污染度、序列分布等信息，其中CheckM是最常用的工具之一。近日，昆士兰大学研究人员在Nature Methods发表了最新生信工具CheckM2。CheckM2比现有方法更快、更准确，当应用于新的谱系和基因组大小减少的谱系时，它的性能优于现有方法，如Patescibacteria和DPANN超级门，值得关注。

CheckM2 宏基因组组装基因组 (MAG) 研究论文基础研究机器学习

炎症性肠病

Nature子刊：炎症性肠病中巨噬细胞和中性粒细胞异质性

溃疡性结肠炎和克罗恩病是慢性肠道炎症性疾病，在疾病表现和治疗反应方面具有令人困惑的异质性。虽然这种异质性的分子基础仍未定性，但单细胞技术使我们能够以前所未有的分辨率探索组织内的转录状态，从而进一步了解这些复杂的疾病。Nature Communications发表的研究，将 scRNA-seq 与CosMx 空间分子成像（SMI）（NanoString Technologies）分析相结合，发现了常驻巨噬细胞和炎症相关巨噬细胞两个亚群。这种方法有助于我们了解不同巨噬细胞亚群在体内的潜在作用和可能的相互作用伙伴，包括上皮细胞和成纤维细胞。总之，该研究强调了肠道髓系细胞区系，特别是巨噬细胞和中性粒细胞区系的多样性和可塑性，并揭示了导致 IBD 异质性的潜在机制。

炎症性肠病单细胞测序免疫细胞黏膜免疫

粪便病毒组移植

粪便病毒组移植可影响小鼠的胖瘦表型

研究表明，当小鼠接受高脂肪饮食（HFD）肥胖小鼠的粪便移植时（即使移植后接受正常饮食），它们也会产生肥胖表型，这表明肠道微生物群在决定瘦型和肥胖表型方面发挥着重要作用。虽然人们将大部分功劳都归功于肠道细菌，但肠道病毒对这些表型的影响尚不清楚。Gut Microbes近期发表的文章，发现移植肠道病毒可改变粪便微生物组，从而驱动小鼠的瘦和肥胖表型。

粪便病毒组移植粪便菌群肥胖

工程菌封装

水凝胶封装工程菌或可加强对结肠炎的诊断

细菌可通过基因编程感知并报告胃肠道（GI）中存在的疾病生物标志物。Biomaterials发表的研究，利用藻酸盐聚合物封装技术改善了大鼠模型中工程化结肠炎传感细菌的服药和恢复情况，提示能感知生理刺激并对其做出反应的水凝胶包裹细菌，能对多种疾病进行微创监测，并可作为下一代智能疗法应用。

工程菌封装结肠炎症

益生菌或合生元

调节肠道菌群或无法改善睡眠质量（荟萃分析）

一些研究表明睡眠障碍人群体内存在菌群成分改变，益生菌和益生元已是常见调节肠道菌群的方法，但这些干预方法对于睡眠质量的影响仍不明朗。Nutrition Reviews最新荟萃分析文章，总结分析益生菌或益生元干预对睡眠质量的影响，然而结果表明仍然没有足够的证据支持调节肠道菌群与改善睡眠质量的显著关联。

益生菌或合生元睡眠质量荟萃分析基础研究

食管癌

国内团队Lancet子刊：筛查食管癌的新工具

食管鳞状细胞癌和食管胃交界处腺癌预后不佳，早期发现是降低死亡率的关键。然而，早期检测依赖于上消化道内镜检查，但在人群水平上无法实施。因此，急需开发一种基于机器学习的全自动预测工具，用于在内镜检查前筛查食管鳞状细胞癌和食管胃交界处腺癌。近日，海军军医大学王洛伟、李兆申团队联合东南大学施瑞华团队在Lancet Gastroenterology & Hepatology 上发表文章，开发了一种具有良好性能的预测工具，用于筛查食管鳞状细胞癌和食管胃交界处的腺癌。这种方法可以避免对许多低风险个体进行内窥镜检查的需要，并通过优先考虑高风险个体来确保资源优化。

食管癌筛查机器学习

MetaboDirect

用于处理傅里叶变换质谱代谢组学数据的新工具—MetaboDirect

随着代谢组学的快速发展（尤其是傅里叶变换离子回旋共振质谱），极大地增加了复杂有机物样品的分子表征，但用户面临着数亿个数据点的挑战，而这些数据点缺乏现成的、用户友好的和可定制的软件工具。近日，发表在Microbiome的工具，开发了一个用户友好的、可访问的、高度全面的工具MetaboDirect（https://github.com/Coayala/MetaboDirect），可用于描述、分析不同的生物和非生物因素如何影响不同环境和系统中的代谢物组成，值得进一步测试。

MetaboDirect 代谢组研究论文基础研究可视化

烟酰胺单核苷酸

哈医大一院：肠道菌群代谢物烟酰胺单核苷酸缓解急性胰腺炎

急性胰腺炎（AP）引起的肠道菌群失调会加剧胰腺损伤和全身炎症反应。通过粪菌移植缓解肠道菌群失调被认为是减少许多临床疾病中组织损伤和炎症的潜在策略。近期，哈尔滨医科大学第一附属医院孙备、李乐及团队在British Journal of Pharmacology上发表研究文章，旨在研究肠道菌群和代谢物烟酰胺单核苷酸对AP的影响，并进一步阐明与胰腺损伤和炎症相关的机制。

烟酰胺单核苷酸急性胰腺炎研究论文

质子泵抑制剂（PPI）

长期使用质子泵抑制剂或可破坏肠道屏障并加剧结肠炎

质子泵抑制剂（PPI）是治疗胃食管反流病及相关疾病的常用药，可有效抑制胃酸分泌，但也因此可能引起肠道菌群的失调。肠道屏障包括柱状上皮细胞及其细胞间的紧密连接，是肠道的第一道防线，其通透性改变或屏障功能丧失与炎症性肠病密切相关。目前PPI使用与肠道屏障及炎症性肠病发生的关系尚不明确。美国宾夕法尼亚州立大学Meghali Nighot及其团队近日在Journal of Crohn's and Colitis发表研究论文，发现长期使用PPI可依赖肌球蛋白轻链激酶（MLCK）增加肠道紧密连接屏障的通透性，并加剧实验性结肠炎，并指出PPI使用与炎症性肠病患者住院率增加相关，提示人们有必要考虑PPI长期使用时的潜在不良影响。

质子泵抑制剂（PPI）肠屏障炎症性肠病（IBD）紧密连接肌球蛋白轻链激酶（MLCK）

初级胆汁酸

回结肠切除术导致的初级胆汁酸增加与回肠炎相关

大多数克罗恩病（CD）患者需手术，但回结肠切除术后的回肠炎复发可影响治疗结局。Journal of Crohn's and Colitis上发表的一项最新研究结果，发现初级胆汁酸的增加与回肠炎、肠道菌群多样性降低、普氏栖粪杆菌丰度降低、MetY（普氏栖粪杆菌表达的乙酸盐及L-甲硫氨酸产生酶）丰度降低相关，且与回结肠切除术后的回肠炎相关。

初级胆汁酸回结肠切除术 IBD 克罗恩病研究论文

单细胞宏基因组学

Nature子刊：CAMMiQ可用于识别和量化宏基因组数据中不同基因组

从高通量测序数据中计算识别和量化不同微生物对于我们了解人类健康至关重要，现有计算方法无法很好地平衡精确度和计算速率之间的问题。近日，印第安纳大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，开发了一种组合优化框架（CAMMiQ），通过灵活处理子串/k-mers长度，用于识别和量化宏基因组数据集中的不同基因组，CAMMiQ可利用更高比例的reads，能更准确识别亚种/菌株水平的基因组。此外，CAMMiQ在实际基因组分类和量化方法中提供了比现有方法更好的灵敏度和特异性，值得关注和尝试。

单细胞宏基因组学菌株水平研究论文基础研究

细菌疗法

国内团队：细菌协同放疗法在癌症治疗中的研究（综述）

细菌对于人类的健康非常重要。病原菌可以导致感染性疾病的发生，而人体的各种菌群对人类健康又是必须要的组分。放疗是癌症治疗中较为有效的方式之一，但是传统的放疗因为其同样具有损伤正常细胞的能力，且肿瘤细胞会产生放疗耐受特征，限制了其在肿瘤治疗中的效果。而有研究显示，细菌可以作为有效的辅助手段，增强放疗的效果，降低放疗对正常组织的损伤，使得细菌联合放疗有着良好的开发和应用前景。近期苏州大学杨凯团队和安徽医科大学裴佩团队联合在Acta Pharmaceutica Sinica B上发表了一篇综述，从基于细菌的放疗增敏作用，细菌疗法与放疗的协同性，放疗激活细菌肿瘤治疗和细菌的辐射保护作用四方面对近年来细菌-放疗联合手段在肿瘤治疗中的研究进行了详细的总结和概述。

细菌疗法放疗肿瘤治疗协同作用综述