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文章数:37篇
饮食
Nature 子刊:饮食模式可影响非洲水牛的肠型
Nature Communications近期发表的研究中,探索了非洲水牛中微生物群落的稳定性和个体间的结构。本研究围绕三个假设进行:(1)饮食模式是野生非洲水牛微生物群结构的主要驱动因素。(2)微生物群对饮食结构的变化具有弹性。(3)共生微生物与病原体之间的关系取决于饮食模式。研究表明,饮食模式能驱动肠型变化,并且饮食、肠型和水牛疾病之间的存在潜在关联。
饮食
肠型
肠道菌群
胆汁淤积性肝损伤
肠道菌群或减轻胆汁淤积症的肝脏损伤
肠道微生物调控宿主的代谢和免疫过程,其改变可调控多种肝胆疾病的严重程度和进展。Gut Microbes近期发表的文章,无菌小鼠在急性胆汁淤积中具有更严重的肝损伤,肠道菌群的这种保护作用与不同的肝脏基因表达(主要涉及组织修复、代谢和免疫功能)有关。研究结果表明,微生物诱导的差异可能影响胆汁淤积的进程和调节肝损伤,为基于肠道微生物群调节的新疗法提供了依据。
胆汁淤积性肝损伤
肠道菌群
肝脏基因表达
杏仁
杏仁:食物能量≠机体获得的能量
文章以高脂血症患者为对象,对其进行添加杏仁的膳食干预。研究结果显示,杏仁能量的生物利用度(Bioaccessibility)约为78.5%。此外,摄入杏仁可以降低膳食整体的能量和脂肪生物利用度。同时,膳食补充杏仁还可以增加脂肪排泄量。因此,对于高脂血症患者而言,杏仁能量的生物利用度可能比预测的更低。本文也提示,因为存在生物利用度的原因,摄入的食物能量并不一定是机体获得的能量。
杏仁
生物利用度
能量
多重耐药菌定植
疗养院居民中,多重耐药菌的肠道定植与哪些菌群因素有关?
疗养院居民有更高的多重耐药菌(MDRO)肠道定植率。Genome Medicine近期发表研究,评估了MDRO在荷兰一家疗养院居民中的定植和传播,鉴定了MDRO定植的临床风险因素,并分析了与MDRO定植相关的肠道菌群特征。
多重耐药菌定植
Gut microbiota
Multidrug-resistant organisms
Asymptomatic colonisation
Colonisation resistance
阿司匹林
阿司匹林或能抑制促大肠癌细菌的生长
肠道和肿瘤微生物群的特定成员与结肠直肠癌(CRC)的发生发展密切相关,其临床相关性和潜在作用机制的认识日益深入,但目前还没有将微生物诊断、预防或治疗应用到临床。mBio最近发表的文章中,研究者发现阿司匹林能抑制Fusobacterium nucleatum菌株(一种在结直肠癌患者的肠道中增多的细菌)的生长,并能杀死F. nucleatum。并且,对人体腺瘤DNA进行定量PCR检测发现,每天使用阿司匹林的患者,其结肠腺瘤组织中梭杆菌属丰度降低。本研究结果提示,阿司匹林或有助于预防和治疗结直肠癌。
阿司匹林
具核梭杆菌
结直肠癌
大麦叶
国内团队:大麦叶通过菌群产物缓解结肠炎
大麦叶在中药中的应用历史悠久,对肠道功能具有潜在的促进作用。然而,其作用机制尚不清楚,中国农业大学陈芳团队的一项研究结果表明,大麦叶可促进肠道菌衍生物肌苷的产生,肌苷可通过PPARγ通路作用于结肠上皮细胞,进而对结肠起到保护作用,外源补充肌苷也可起到同样的效果,该研究发现一种新的可通过菌群衍生物肌苷治疗结肠炎的方案。
大麦叶
肌苷
DSS结肠炎模型
研究论文
基础研究
致病菌定殖
Nature子刊:T4SS促进致病菌在克罗恩病患者中定殖
克罗恩病患者体内常可分离出粘附侵袭性大肠杆菌(AIEC)。Nature Communications上发表的一项最新研究,通过转座子插入测序进行高通量筛选,鉴定出377个对于AIEC定殖所必需的基因,其中最重要的为IV型分泌系统(T4SS),介导了AIEC在肠道上皮细胞上的生物膜形成。另外,在克罗恩病相关大肠杆菌分离株中,可观察到T4SS的富集。
致病菌定殖
粘附侵袭性大肠杆菌
研究论文
基础研究
IV型分泌系统
人噬菌体
Nature Reviews:人体病毒的装配、组成和宿主相互作用(综述)
Nature Reviews Microbiology近期发表的综述中,概述了人类病毒组的组装、组成和动态,以及宿主病毒组在健康和疾病中的相互作用。推荐专业人士阅读!
人噬菌体
人体肠道噬菌体
肠道元基因组分析发现数千种新噬菌体
Microbiome近期发表的文章,通过对整个人类肠道宏基因组中发现的噬菌体基因组的分析,至少确定了三个新的尾病毒目候选家族,并揭示了人类肠道中噬菌体-宿主相互作用的各种假定机制。这些发现还扩展了噬菌体基因的功能,特别是脂质生物合成途径、过氧化氢酶类、HipA家族蛋白激酶和与防御相关的高变基因。这些发现将有助于人类肠道病毒组的分类和功能特征研究。
人体肠道噬菌体
病毒组
饮食-菌群互作
饮食和肠道菌群的互作,与IBS症状相关
Microbiome近期发表的研究表明,肠道菌群与饮食之间的相互作用,或能影响肠易激综合征(IBS)的症状和严重程度。这些发现将IBS与肠道菌群的氢代谢和碳水化合物代谢联系起来,为研究靶向菌群的IBS营养管理方法提供新思路。
饮食-菌群互作
肠易激综合征
婴儿菌群
分娩方式对新生儿会产生哪些影响?这些影响能持续多久?
剖腹产(CSD)破坏了母亲对新生儿的特定微生物菌株的传递以及相关的免疫系统启动。ISME Journal近期发表的文章,研究了婴儿微生物组成及其对宿主生理的影响是否在1岁时仍然存在差异。研究纳入9对顺产母婴对和11对剖腹产母婴对,采集出生后5天、1个月、6个月和1年后粪便样品,进行宏基因组分析。结果表明,出生方式对新生儿的影响能持续到出生后一年,比如CSD出生婴儿表现出的延迟免疫刺激可能影响自身的免疫耐受性等。未来需进一步对儿童进行长期跟踪随访,以了解出生方式对儿童健康的影响。
婴儿菌群
分娩方式
免疫反应
细菌耐药基因
膳食乳化剂
新视角——微生态角度评估膳食乳化剂
膳食乳化剂对肠道炎症、代谢疾病的负面影响近年来得到关注。Microbiome近期发表一项研究,利用体外的肠道微生态模拟系统检测20种常用膳食乳化剂对于肠道菌群的影响,发现尽管不同乳化剂对于微生态的改变具有差异性,大部分乳化剂对肠道菌群的结构和功能具有负面影响,有必要从肠道微生态角度对这类添加剂的安全性进行重新评估。这一结果对于食品添加剂的筛选、安全性的评估提出了新见解,值得参考。
膳食乳化剂
食品添加剂
研究论文
体外模型
肠道炎症
食物气味
华中科技大学Nature子刊:多闻食物气味会缩短寿命?
饮食限制(DR)可以显著延长机体的寿命。目前很多的研究都在关注食物中的营养元素在调节饮食限制介导的寿命延长的作用。但是食物不仅仅是由营养素组成的,还有其他很多其他成分,例如气味,非营养素的化学成分。这些成分对于寿命的作用并不明确。近期华中科技大学刘剑锋团队在Nature子刊Nature Aging上发表的工作,应用线虫检测了食物气味对于DR介导的寿命延长的作用和分子机制。他们发现,食物的气味可以显著缩短DR介导的寿命延长,其机制是通过ADF-CEP-RIC神经回路,最终章鱼胺激素激活肠道受体SER-3,通过Gq-PLCβ-CaMKK信号传导,调节能量感应器AMPK,从而调节DR线虫的寿命。该研究揭示了食物气味通过肠脑轴调控寿命的新机制。
食物气味
饮食限制
延长寿命
秀丽隐杆线虫
研究论文
饮食限制
刘学波+刘志刚:限制蛋氨酸摄入或能减缓老年认知衰退
有研究表明,限制饮食中的蛋氨酸(甲硫氨酸)或能延长寿命、延缓衰老相关疾病的发生。西北农林科技大学刘学波、刘志刚与研究团队在Redox Biology发表的一篇最新研究,揭示了蛋氨酸限制改善衰老相关认知减退的作用和机制,表明FGF21是其中的关键分子靶标,为防治衰老相关的认知障碍提供了新线索。
饮食限制
认知衰退
衰老
蛋氨酸限制
线粒体
口腔菌群
徐健+黄适:菌群和多组学分析揭示何为“牙龈亚健康”
中科院青岛能源所徐健、黄适与研究团队,近期在mBio发表研究,通过对志愿者牙龈健康恶化过程中的牙菌斑菌群、牙菌斑代谢组和唾液细胞因子进行综合分析,首次提出“牙龈亚健康”这一概念,并揭示了牙菌斑菌群在其中的驱动作用和机制,强调了日常口腔清洁以及牙龈亚健康阶段干预的重要性。
口腔菌群
牙菌斑菌群
牙龈炎
牙周炎
产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌
香港大学:肠道菌群预测旅行是否会感染耐药菌
全球的旅行会协助耐药菌的传播,包括产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌。香港大学团队近期在Journal of Travel Medicine上发表文章,首度关注东方旅行者肠道菌群和旅行中感染、散播耐药菌的关系,研究样本较大且涉及纵向队列。不知道疫情期间是否有类似研究,分析肠道菌群基础组成和旅行后被检测COVID阳性是否相关?
产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌
肠道菌群
研究论文
旅行细菌传播
遗传-菌群互作
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能,但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果,纳入近1300名中国人,首次通过深度的全基因组和宏基因组测序,分析了宿主遗传(常见变异、罕见变异和拷贝数变异)与肠道菌群之间的关联,并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用,有重要参考意义。
遗传-菌群互作
微生物组全基因组关联分析
性别差异
肠道菌群
早期环境暴露对自然分娩小鼠的肠道生态系统影响较小
Gut Microbes近期发表的文章,发现与先前报道的剖腹产不同,自然分娩后的环境暴露对肠道微生物类群的影响有限,但改变宿主的细胞因子和趋化因子图谱,可能在免疫介导的疾病易感性中发挥重要作用。
肠道菌群
分娩方式
环境暴露
免疫系统
RNA病毒
VirSorter2:病毒组鉴定软件升级版发布
本文介绍了VirSorter2,这是一种DNA和RNA病毒识别工具,可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计,VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性,并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化,多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色,并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。
RNA病毒
分类器
病毒组
DNA病毒
软件
肠道真菌与细菌互作
Nature子刊:山羊肠道微生物组深度分析(细菌与真菌群落)
草食动物的消化道是一个复杂的厌氧微生物群落的家园,它们共同分解木质纤维素。对它们的理解可以促进植物废物转化为糖底物的绿色生物技术的发展。Nature Microbiology最新发表的文章,对相关数据进行了深度挖掘。
肠道真菌与细菌互作
生物转化
研究论文
肠-脑轴
国内团队:肠道菌群产生的丙酸盐缓解小鼠的帕金森病
许多证据表明肠道菌群参与了帕金森病(PD)的发病机制。成骨细胞分泌的骨钙蛋白(OCN)可调节脑功能。来自上海交通大学医学院附属瑞金医院的刘建民团队、顾燕云团队及上海交通大学的李胜天团队在Microbiome上发表的一项最新研究,发现OCN可通过调节PD小鼠模型的肠道菌群,富集丙酸盐产生菌并增加丙酸盐水平,丙酸盐作用于肠神经元上的FFAR3以发挥其神经保护作用,从而缓解小鼠的运动功能障碍及多巴胺能神经元丢失。
肠-脑轴
研究论文
基础研究
啮齿动物(小鼠)
帕金森病
牙刷菌群
牙刷上的菌群来自哪里?
室内菌群可影响人体健康,但人体菌群转移至环境中之后的分类群及功能变化尚未明确。来自Microbiome上发表的一项最新研究,收集了34名参与者的牙刷,对其中的菌群进行分析后发现,牙刷菌群由人口腔菌群与环境菌群共同组成,其物种多样性低于口腔菌群,但抗菌剂耐药基因多样性更高。个人健康、口腔卫生及浴室环境特征可影响牙刷菌群的组成。
牙刷菌群
研究论文
基础研究
口腔菌群
环境菌群
器官芯片
Science子刊:用多器官模型研究帕金森病中的肠-肝-脑轴
神经退行性疾病中,多器官间的互作可能对疾病的发生发展有重要作用。Science Advances近期发表的一项研究,构建了包含肠、肝、脑、免疫等多个组织器官部件的体外模拟系统,并用其研究了帕金森病中的肠-肝-脑互作。
器官芯片
肠-肝-脑轴
帕金森病
草食性龟蚁
Nature子刊:肠道细菌有助于草食性龟蚁的角质层正常发育
纵观昆虫的进化史,饮食的转变(从富含氮的食肉动物/杂食动物饮食到缺乏氮的草食动物饮食)是通过与微生物共生而实现的。食草性龟蚁Cephalotes拥有保守的肠道微生物组,通过回收富含氮的代谢废物来增加氨基酸的产生,从而丰富营养成分。这一现象如何使宿主受益有待进一步研究。Nature Communications近期发表的文章,发现食草性龟蚁的角质层成分是富含氮的,这是由肠道菌群所富集的,突出共生菌在昆虫进化中的作用,并为营养物质如何通过细菌进入昆虫角质层提供了资料。
草食性龟蚁
角质层
肠道菌群
氮
行为
肥胖相关的自控缺陷,可能是肠道菌群出了问题
抑制控制(IC)是指个体抑制住自己的冲动、本能的认知过程,能帮助个体达成长期目标,是对自身行为控制力的一种体现。肥胖者通常存在IC缺陷,因而难以抵挡美食的诱惑或者难以坚持锻炼,使得减肥变得困难重重。Gut近期发表的一项研究,结合临床分析和小鼠试验,鉴定出肠道菌群和代谢组等与IC之间的潜在因果关系,提示调节肠道菌群或有助于改善肥胖者的IC缺陷。
行为
肠-脑轴
肥胖
肠道菌群
队列研究
固醇
膳食固醇或影响果蝇寿命
膳食影响寿命,尤其是大量营养素蛋白质:碳水化合物的比例。本文以黑腹果蝇为研究对象,探究了固醇对于膳食影响寿命的调控作用。补充胆固醇可以缓解因为高蛋白:碳水化合物比例膳食导致的寿命降低。
固醇
寿命
抗生素
Nature子刊:新生儿期使用抗生素或影响男孩生长
Nature Communications近期发表了来自芬兰西南部出生队列(SFBC)的一项研究,通过分析超过1.2万名儿童从出生至6岁的数据以及动物实验发现,新生儿期使用抗生素可能伴随长期的肠道菌群紊乱,可能导致男孩生长减缓,而在新生儿期之后使用抗生素则与儿童BMI增加相关。
抗生素
儿童生长发育
肠道菌群
新生儿
动物菌群
野生狮尾狒的肠道菌群季节性变化
肠道菌群组成的适应性变化是野生动物适应食物季节性变化的方式之一。来自Microbiome上发表的一项最新研究,分析了野生狮尾狒(一种非人灵长类动物)的肠道菌群季节性变化,发现降雨及温度分别通过影响食物供应及体温调节,影响狮尾狒的肠道菌群组成及功能。该研究结果提示,肠道菌群的可塑性为宿主提供了对食物及温度等环境变化的适应性。
动物菌群
狮尾狒
研究论文
基础研究
其它动物
人体皮肤菌群
微生物抱团影响宿主:菌群比单个微生物对于皮肤的影响更大!
皮肤作为人体重量上最大的器官,寄居着许多微生物,它们同肠道菌群一样,影响着宿主的健康,然而目前对于单个菌以及菌群的互作对于皮肤的影响,仍然有很多值得我们探究的地方。Microbiome上发表的一篇文章,通过体外皮肤模拟器,发现了菌群对于皮肤细胞的凋亡,增殖,蛋白表达水平等都产生了影响,而单菌并没有菌群群落对皮肤的影响大,了解单个微生物对宿主的影响很重要,但是一个完整的微生物群落对皮肤的影响要大于其各部分的总和。
人体皮肤菌群
皮肤菌群-宿主互作
研究论文
基础研究
斑马鱼肠道菌群
国内团队:斑马鱼肠道菌群的生态演替
生态演替是120年来生态学的中心主题。而对于水生动物来说,肠道菌群与环境的互作与陆地动物大相径庭。中山大学颜庆云、中科院水生生物研究所黄洁与研究团队,在NPJ Biofilms and Microbiomes发表文章,提出卵生鱼类发育对肠道菌群生态演替起决定性的作用而非环境因素的假说,并进行了验证。这一研究也在某种程度呼应了人类、小鼠中‘肠型’的说法。即肠道菌群‘成型’后,相对地理环境、性别、种族以及饮食等外界因素改变自身较为稳定。
斑马鱼肠道菌群
生态演替